R语言GSEA分析（一） / 开普饭

前两天老板升级了组内的服务器,我换了硬盘,由于之前是ubuntu16.04 server版本的系统,R环境也是3.4,,相关R包等等版本比较旧.所以我决定重新安装一次系统并重新配置了rstudio-s ...

单细胞转录组测序很热,想必很多人都想学习一下.因为大家都喜欢热点,热点好搞基金,更好发文章,这是科研圈的共识.既然这么热,我们就从安装R包开始.这些包还是挺多的,包安装不好,后面的分析就没有办法做了呀 ...

首先,让我深情缅怀一下冬天过去了,作为一个胖子,及其讨厌炎热夏天,可是真的不远. 在实际使用R语言的过程中,我们会经常遇到无法在新版本上安装某些包的情况,这个时候在自己电脑上再安装一个旧版本的R包无疑 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事. TCGAbiolinks数据下载TCGA数据下载TCGA数据的方法有很多,但比较好用的包我认为就是TCGAbiolinks,T ...

很多时候我们得到的转录组格式为Count,例如在TCGA数据库下载的数据,如果我们想使用FPKM格式或者TPM,那么就需要转换,不过TCGA数据库也提供了FPKM的格式,貌似miRNA数据只有Coun ...

很长一段时间,总是被安装一些包所绊住,或许今天也是.往往小阴沟就会翻船.死都不敢相信自己是这么死的.R包就是众多坑沟中的臭名昭著的一个.版本不对,依赖不存在,各种问题简直让一个有强迫症的患者生不如死. ...

一个重要的闭环: 机器学习-数据挖掘的流程(CRISP-DM):围绕数据进行如下6个活动进行闭环式地探索活动商业理解数据理解数据准备建立模型模型评估方案实施一个重要的概念: 特征工程:最 ...

转换基因ID 如基因名是symbol,需要将基因ID转换为Entrez ID格式.Entrez ID实际上是指的Entrez gene ID,是对应于染色体上一个gene location的.每一个发 ...

GAEA df_all_sort <- df_all[order(df_all$logFC, decreasing = T),]#先按照logFC降序排序 gene_fc = df_all_so ...

原文链接:http://tecdat.cn/?p=22422 在本文中,我们描述了灵活的竞争风险回归模型.回归模型被指定为转移概率,也就是竞争性风险设置中的累积发生率.该模型包含Fine和Gray(1 ...

浅析单因素方差分析中的多重比较本脚本侧重于单因素方差分析中多重比较方法的运用; 就不展示数据正态性及齐次性的运算了(默认都符合,一般理化数据是都符合的); 有的人喜欢用Tukey检验,但会遇到一些不 ...

介绍从广义上讲,meta分析是指将几项研究结果结合起来的统计分析.这一术语是由统计学家Gene V Glass在1976年向美国教育研究协会发表演讲中创造的.从那时起,meta分析不仅成为医学研究的重 ...

完整原文链接:http://tecdat.cn/?p=5438 生存分析指的是一系列用来探究所感兴趣的事件的发生的时间的统计方法. 生存分析被用于各种领域,例如: 癌症研究为患者生存时间分析, &qu ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. R语言生存分析生存分析是医学数据挖掘中的重要内容 R语言中用于生存分析 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. Cox比例风险模型诊断 Cox比例风险模型的建立是基于几个假设之 ...

系统评价/Meta分析指全面收集所有相关研究并逐个进行严格评价和分析,再用定性或定量合成的方法对资料进行处理得出综合结论的研究方法.实现Meta分析数据统计的软件种类繁杂,但以R最为著名,可实现多种类 ...

R语言GSEA分析（一）