生信实操丨带你复现单细胞转录组纯分析文章（一） / 开普饭

江山代有套路出大家好,我是晨曦,上次的推文给大家介绍了单细胞图谱类文章,相信大家不管是看过那篇推文,还是看了我们挑圈联靠其它单细胞的相关推文,对于单细胞,不管是从流程还是从分析方式上都应该不陌生了吧 ...

导语今天和大家分享的是2020年1月份发表在SCIENTIFIC DATA杂志上的一篇文章(IF=5.929)"Single-cell RNA sequencing of human ki ...

在前文scRNA-seq marker identification(二),我们我们提到了差异分析,下面我们来详细了解下学习目标了解如何准备用于pseudobulk差异表达分析的单细胞RNA-se ...

如何删除线粒体基因表达过高的细胞 Part1:加载包并读入Rdata文件读入Rdata文件并查看Rdata文件保存的变量查看保存变量名后,读入Rdata文件 Part2:对多样本中的每个样本查看质 ...

课程笔记粉丝:有单细胞线上课程吗? 小编:什么 ? 我们的单细胞转录组分析线上课程已经上线好久了,你们竟然都不知道吗,每篇推文后面的课程推荐没人看的吗,小编已哭晕在厕所好了,戏演完了,下面郑重介绍 ...

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步.不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进,一起成长. 文献速递栏目通过简 ...

回顾单细胞RNA-seq分析介绍单细胞RNA-seq的设计和方法从原始数据到计数矩阵差异分析前的准本工作学习目标了解如何导入单细胞rna-seq实验的数据. 质量控制流程在量化基因表达 ...

最近读到发表在nature medicine杂志的文章<Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial t ...

0.scater包方法在scaterR包里,有个函数plotHighestExprs,可自动根据SingleCellExperiment对象数据进行绘制.但有个缺点就是太慢了,具体操作如下 libr ...

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学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了!2019上海站学员兴高采烈的私聊我说在咱们生信技能树学习班学到的知识马上用起来了,一个单细胞纯生信数据挖掘文章的全部代码小半天就全部弄完了. ...

回顾单细胞RNA-seq分析介绍单细胞RNA-seq的设计和方法从原始数据到计数矩阵差异分析前的准备工作 scRNA-seq--读入数据详解 scRNA-seq--质量控制为什么需要Norm ...

对应原版教程第4章 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/ SingleCellExperiment数据结构(下面简称sce)基于SummarizedE ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,基本上跑的都是标准代码,里面很多细节参数是需要自己慢慢摸索的.保证单细胞转录组表达矩阵质量ok啦,而且需要去除了各种混杂因素. 因为参数需要自己摸索 ...

回顾单细胞RNA-seq分析介绍单细胞RNA-seq的设计和方法从原始数据到计数矩阵差异分析前的准备工作 scRNA-seq-读入数据详解学习目标构建QC指标和相关的图,以直观地了解数据的 ...

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因为损坏细胞和死细胞常表现出过大量的线粒体污染,因此需要过滤高线粒体基因表达的细胞.过滤原则为,移去线粒体基因表达比例过高的细胞,但是不能大量丢失样本细胞信息. library(Seurat) lib ...

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