scRNA-seq聚类分析(一) / 开普饭

生信实操随着测序技术的进步开发了一种单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术,单细胞转录组测序技术可以一次检测成千上万个细胞的转录水平,在单细胞水平上检测和定量基因表达水平变化,从而揭示bulk ...

江山代有套路出大家好,我是晨曦,上次的推文给大家介绍了单细胞图谱类文章,相信大家不管是看过那篇推文,还是看了我们挑圈联靠其它单细胞的相关推文,对于单细胞,不管是从流程还是从分析方式上都应该不陌生了吧 ...

小班长观点:如果我们就是为了学习研究方法,或者尽快的入门,我们不需要去看SCI文献.只看中文文献就可以. 推荐的是:①11本护理核心期刊杂志上的文献,②有关护理学专业的,硕士博士论文,其中这上面的内容 ...

背景聚类分析在机器学习领域属于无监督学习的一种,能够根据一些特征对样本数据进行分类.使用聚类分析分完的类具有"类中相似,类间区别"的特点.RFM模型是非常常见的分析用户价值的方法 ...

对于高维度的数据分析而言,例如RNA-seq的数据.我们在得到数据想要解释不同分组之间的差异的基因.往往都需要逐渐的降维来进行解释.最普遍的方法通过差异分析-富集分析这样的也算是一种逐步降维的操作.这 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类,但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和clus ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means ...

原文链接:http://tecdat.cn/?p=22609 摘要本文提供了一套用于分析各种有限混合模型的方法.既包括传统的方法,如单变量和多变量正态混合的EM算法,也包括反映有限混合模型的一些最新 ...

正文处理原始scRNA-seq数据 3.3 文件格式 3.3.1 FastQC FastQ是您将遇到的最原始形式的scRNASeq数据.所有scRNASeq方案都使用配对末端测序进行测序.Barco ...

拟时(pseudotime)分析,又称细胞轨迹(cell trajectory)分析,通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程,在发育相关研究中使用频率较高.主要基于关键基因的 ...

第5章我们继续来学习一种无监督的数据挖掘方法--聚类分析.通过聚类分析我们可以观察到数据是怎么聚集在一起的,还可以用来描述数据的分布情况.聚类分析的应用十分广泛,例如通过对客户聚类来对其进行细分以便为 ...

大家好,我是风.欢迎来到风风的从零开始单细胞系列.前面我们已经学习了数据下载.构建分析对象和数据质控.如果你的scater出现了一些警告内容,提示函数被替代,那也不用着急.正如其他内容一样,scate ...

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