fasterq快速转换sra文件到fastq测序数据 / 开普饭

写在前面课题需要,前述,在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能.在这个功能的辅助下,我们较快的完成了阶段任务.筛选数据完成了,但是下载数据却出现了问题 ...

导言前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

对原始测序fq文件数据进行质量控制任务了解fastq测序数据需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量! 作业,理解测 ...

蓦然回首在身不由己,无法有什么动作的时候,我就会开始天马星空,胡思乱想.隐约想起了几年前,在华南农林学院某会议室,我大体介绍了一下 TBtools .介绍完了,有收到这么一个问题,"能不能 ...

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

四年前我写过介绍GEO和SRA数据库的推文 : 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够其实就是耗费一点时间去摸索如何在这两个数据库里面查询下载自己感兴趣的文章的数据.注 ...

当然,这种情况实属罕见,一般来说这种情况说明你的fastq测序数据在传输压缩解压过程中出现了不可描述的错误. 当然,你可以先判断一下自己的fastq是什么规格的编码方式: zcat clean.1.f ...

原文见:使用aspera从EBI下载fastq数据,抛弃NCBI的SRA数据库吧! 其它sra数据库见: 不止是NCBI的SRA可以下载测序数据下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了 ...

如何高效又简单地省时地获得SRA公共数据的Fastq格式数据陈胖子下载NCBI SRA数据库上的公共数据,整体上还是大部分搞数据分析,又想灌水的人必做的一个事情. 其实直接使用官网推荐的工具asp ...

以前在<生信技能树>(才发现居然已经是 2019-08-22的事情了)我们介绍过中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库GSA (Genome Sequence ...

如何把录音文件转换成文字?开会太频繁,领导讲话太快,很多上班族都反映笔记记不全,常常会落下重要的任务.老师上课讲得太快,很多学生也反映没有划到多少重点内容.对此,小编可是感同身受.但是面对这些情况,该 ...

职场实战:Excel一列数据快速转换成多列

fasterq快速转换sra文件到fastq测序数据