如何高效又简单地省时地获得SRA公共数据的Fastq格式数据 / 开普饭

转录组测序(RNA-Seq)是当下生物医学科研领域的热点技术,在SCI论文中频频亮相.但是无论是以RNA-Seq为试验主体的论文,还是以RNA-Seq为分析辅助手段的论文,在发表之前总是绕不开一个问题 ...

但很多粉丝留言表示这些英文教程看不懂,数据也很分散,没有中文解说实在是很难跟下来,希望我们出一个手把手系列教程. 这个全套 MeRIP-seq 图表复现代码在GitHub:https://github ...

如果你的服务器在中国大陆,基本上就放弃prefetch啦,直接aspera即可.但是如果是在海外,就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度. 需要注意的是:什么,SRA测序数据要收费了,同 ...

最近刷单细胞文章看到了一个很有意思数据存放细节,这个文献的标题是:<Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes an ...

前面我布置了一系列学徒作业, 终于开始陆陆续续收到答案啦!下面的教程来自于7月的数据挖掘学员,对应的题目是:仅提供bam文件的RNA-seq项目重新分析下面她提交的答案主要目标:复现figS4-D ...

基因组学在生物学科的发展中,具有划时代的意义.同时,很多人在刚进入生物信息学领域时,最先接触的也往往是组装基因组,注释基因组.这在我们生信技能树的公号里有详细的教程,需要者可去公号get资源.前面ji ...

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! 下载原始测序数据: 在GEO数据库搜索GSE87182, 这里没有直接给出ftp地址,需要先从BioProj ...

学完了生信技能树的转录组课程,是时候实战一波了,我选择的是 NCBI数据集是SRP033333 Description KPC (Comparing mutant-p53 expressing cel ...

当我们需要一些NGS数据时,一般会去NCBI或者EBI的数据库中下载.但是当我们用wget下载时,时常会出现断开连接或者网络下载速度缓慢,对于几十G或者上百G的数据,下载无计可施,这是则可以使用Asp ...

很多人都说传统的bulk转录组测序"廉颇老矣",急急忙忙转向了单细胞转录组这样的热点技术. 诚然,单细胞CNS好文层出不穷,不过最近无意中看到了一个传统的bulk转录组测序的sci ...

如何高效又简单地省时地获得SRA公共数据的Fastq格式数据