lncRNA实战项目-第三步-了解参考基因组及注释文件 / 开普饭

导言前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

写在前面课题需要,前述,在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能.在这个功能的辅助下,我们较快的完成了阶段任务.筛选数据完成了,但是下载数据却出现了问题 ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! SRA->FASTQ->BAM->COUNTS 这几个步骤而已,中间穿插一些质控的手段,每 ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! 往期目录 lncRNA实战项目-第二步-了解文章及数据 lncRNA实战项目-第三步-了解参考基因组及注释文 ...

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响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战这篇文献" Annotation and cluster analysis of spatiotem ...

目录一.什么是参考基因组和基因组注释?二.参考基因组版本命名1.常用人参考基因组对应表2.常用小鼠参考基因组对应表三.下载1.NCBI2.Ensemble3.GENCODE4.UCSC5.iGenom ...

进到align目录对质量好的测序数据进行比对 1. 一个个比对,生成BAM文件 align目录 sample=SRR7696207 bwa mem -t 2 -R "@RG\tID:$sa ...

NGS数据分析实践:02. 参考基因组及注释库的下载 - 目录 1. 参考基因组数据 2. 已知的SNP和Indel变异数据 3. annovar注释所需数据库的下载 4. 其他数据库系列文章: 二 ...

(本文仅供学习.参考,不能替代医嘱和处方.文中所述配伍.方剂,须在中医师当面辨证指导下来借鉴.应用,切勿盲目尝试.) 本文理论依据:<中医男科学>.<中医诊断学>.<中医 ...

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