sra数据库的fastq测序数据已经同步到亚马逊云了 / 开普饭

如何高效又简单地省时地获得SRA公共数据的Fastq格式数据陈胖子下载NCBI SRA数据库上的公共数据,整体上还是大部分搞数据分析,又想灌水的人必做的一个事情. 其实直接使用官网推荐的工具asp ...

当我们需要一些NGS数据时,一般会去NCBI或者EBI的数据库中下载.但是当我们用wget下载时,时常会出现断开连接或者网络下载速度缓慢,对于几十G或者上百G的数据,下载无计可施,这是则可以使用Asp ...

本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货. 1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输入: https://w ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

导言前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

SRA文件的解压主要是用sratools中的fastq,但是这个软件不能多线程运行,随着测序数据越来越大,fastq的解压速度可能成为整个流程的瓶颈(其实并不会:P,不过没有多线程就是不爽). 不过s ...

在如今这个大数据(bigdata)时代,数据无疑也成为了互联网企业市场竞争力的基石所在,几乎所有厂商都化身为饕餮来吞噬一切来源的数据.如今国内市场各类APP超范围收集用户数据信息的情况,甚至已经多得让 ...

作者|沐由编辑|阿冒设计|沐由数字化时代,是充满不定挑战的时代,也是蕴藏无限机遇的时代.随着数字化转型步入深水区,数字经济的GDP占比逐年增加,数据已然成为企业最为核心的资产. 与此同时,数 ...

科技战略美国证券监督委员会发布公告增加中企赴美上市前信息披露要求据美国证券监督委员会(SEC)官网7月30日消息,美证券交易委员会(SEC)正式发布公告,宣布暂停受理中国企业赴美上市请求,增加对中 ...

原文见:使用aspera从EBI下载fastq数据,抛弃NCBI的SRA数据库吧! 其它sra数据库见: 不止是NCBI的SRA可以下载测序数据下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了 ...

以前在<生信技能树>(才发现居然已经是 2019-08-22的事情了)我们介绍过中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库GSA (Genome Sequence ...

当然,这种情况实属罕见,一般来说这种情况说明你的fastq测序数据在传输压缩解压过程中出现了不可描述的错误. 当然,你可以先判断一下自己的fastq是什么规格的编码方式: zcat clean.1.f ...

提问:如果炸掉一个亚马逊的数据中心,将影响百分之多少的互联网呢? 一名来自德克萨斯州的 28 岁男子--Seth Aaron Pendley 回答:70%.没错,他认为只要炸掉亚马逊一个位于弗吉尼亚州 ...

sra数据库的fastq测序数据已经同步到亚马逊云了