使用ebi数据库直接下载fastq测序数据的改进脚本 / 开普饭

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

导言前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

以前在<生信技能树>(才发现居然已经是 2019-08-22的事情了)我们介绍过中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库GSA (Genome Sequence ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 DDBJ(DNA Data Bank of Japan)是与NCBI的GenBank,EMBL的EBI数据库齐名的世 ...

四年前我写过介绍GEO和SRA数据库的推文 : 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够其实就是耗费一点时间去摸索如何在这两个数据库里面查询下载自己感兴趣的文章的数据.注 ...

当然,这种情况实属罕见,一般来说这种情况说明你的fastq测序数据在传输压缩解压过程中出现了不可描述的错误. 当然,你可以先判断一下自己的fastq是什么规格的编码方式: zcat clean.1.f ...

SRA文件的解压主要是用sratools中的fastq,但是这个软件不能多线程运行,随着测序数据越来越大,fastq的解压速度可能成为整个流程的瓶颈(其实并不会:P,不过没有多线程就是不爽). 不过s ...

前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站,都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程,其实是因为我本人一直不在中国大陆,所以没有网络问题.但是学生们不一样,同样 ...

长期更新列表: 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的必须神器 IGV 资料大全,含视频生信技巧第5课-生信人必须安装的软件不知不觉就第 ...

写在前面课题需要,前述,在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能.在这个功能的辅助下,我们较快的完成了阶段任务.筛选数据完成了,但是下载数据却出现了问题 ...

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