使用aspera从EBI下载fastq数据，抛弃NCBI的SRA数据库吧！ / 开普饭

导言前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

如何高效又简单地省时地获得SRA公共数据的Fastq格式数据陈胖子下载NCBI SRA数据库上的公共数据,整体上还是大部分搞数据分析,又想灌水的人必做的一个事情. 其实直接使用官网推荐的工具asp ...

当我们需要一些NGS数据时,一般会去NCBI或者EBI的数据库中下载.但是当我们用wget下载时,时常会出现断开连接或者网络下载速度缓慢,对于几十G或者上百G的数据,下载无计可施,这是则可以使用Asp ...

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

原文见:使用aspera从EBI下载fastq数据,抛弃NCBI的SRA数据库吧! 其它sra数据库见: 不止是NCBI的SRA可以下载测序数据下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了 ...

以前在<生信技能树>(才发现居然已经是 2019-08-22的事情了)我们介绍过中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库GSA (Genome Sequence ...

学完了生信技能树的转录组课程,是时候实战一波了,我选择的是 NCBI数据集是SRP033333 Description KPC (Comparing mutant-p53 expressing cel ...

"[报告下载]后台回复关键词"数据智能报告"可免费下载数据猿最新发布的完整高清版<2021中国数据智能产业发展报告> 大数据产业创新服务媒体 --聚焦数据 · ...

最近总是有朋友反映说,在使用股票池的过程中,自己下载了数据,但是股票池出票总是不对,甚至不符合条件的股票也会出现,比如低开池,高开的股票也会出现,同一个股票池再不同的电脑上运行出票完全不一样等等.这里 ...

如果从TCGA官网网页下载数据,或者使用gdc-client工具下载的数据,都是以单个的文件夹形式存储,并且文件夹中的为压缩文件,所以,下载数据后,第一步就是如何把这些文件复制在同一个文件夹中,以利于 ...

使用奥维,地图是基础,没有地图可能就无法开展工作.在野外网络信号不好或者单位内网环境下,可能无法加载在线地图,那么就需要从本地加载地图. 在奥维中,您可以将地图数据下载到本地,可实现本机离线浏览地图. ...

本篇文章继续介绍一下,全球风图集.Global Wind Atlas 是一款基于网络的免费应用程序,旨在帮助政策制定者.规划者和投资者确定世界上几乎任何地方的风力发电高风区,然后进行初步计算.Glob ...

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