假设你的fastq测序数据里面混入了非ascii 码字符
相关推荐
-
程序员技能必备几分钟搞懂各种编码内附汉字码实操案例
背景 HTTP 协议基于文本传输,字符编码将文本变为二进制,二进制编码将二进制变为文本.TCP 协议基于二进制传输,数据读取时需要处理字节序.本文将介绍常见的字符编码.二进制编码及字节序,并一探 Go ...
-
fasterq快速转换sra文件到fastq测序数据
SRA文件的解压主要是用sratools中的fastq,但是这个软件不能多线程运行,随着测序数据越来越大,fastq的解压速度可能成为整个流程的瓶颈(其实并不会:P,不过没有多线程就是不爽). 不过s ...
-
使用ebi数据库直接下载fastq测序数据的改进脚本
原文见:使用aspera从EBI下载fastq数据,抛弃NCBI的SRA数据库吧! 其它sra数据库见: 不止是NCBI的SRA可以下载测序数据 下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了 ...
-
sra数据库的fastq测序数据已经同步到亚马逊云了
四年前我写过介绍GEO和SRA数据库的推文 : 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 其实就是耗费一点时间去摸索如何在这两个数据库里面查询下载自己感兴趣的文章的数据.注 ...
-
可以使用Aspera从CNGBdb数据库高速下载fastq测序数据啦
以前在<生信技能树>(才发现居然已经是 2019-08-22的事情了)我们介绍过中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库GSA (Genome Sequence ...
-
省事地获取已公开测序数据的下载链接(.sra|.fastq.gz)
写在前面 课题需要,前述,在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能.在这个功能的辅助下,我们较快的完成了阶段任务.筛选数据完成了,但是下载数据却出现了问题 ...
-
踩坑日志 | kingfisher 公共测序数据 SRA/Fastq 下载神器!
导言 前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...
-
PBJ | 基于149份材料靶向测序数据结合全基因组关联分析揭示小麦光能利用相关遗传位点
普通小麦是一个由三个密切相关的亚基因(AABBDD)组成的异源六倍体.它被认为起源于两次多倍化事件:第一次是野生四倍体小麦(AA)与未发现的节节麦谱系(BB)杂交形成的四倍体,距今约50万年;第二次是 ...
-
科研 | 墨尔本大学:机器学习应用于全血RNA测序数据揭示了系统性红斑狼疮患者的不同亚群
编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 目的:系统红斑狼疮是(SLE)是一种异质性自身免疫性疾病,治疗困难.目前SLE患者没有最佳分类.因此,患者对于现有治疗反映是不可预测的 ...
-
Genome Biology | SCRABBLE: 利用未细分的转录组测序数据作为限制对单细胞转录组测序进行估算
推荐:江舜尧 编译:多儿 编辑:马莉 费城儿童医院学者Kai Tan等人于2019年5月7日在<Genome Biology>上发表题目为<SCRABBLE: single-cell ...