生信编程6.下载最新版的KEGG信息并解析 / 开普饭

KEGG数据库介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中,都会听说KEGG富集分析,而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环. 这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室在1 ...

PICRUSt2分析实战:16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组.新增KEGG层级更新时间:2021年7月8日 PICRUSt推出了近8年,引用5000余次. 现推出PICRUSt2,202年再次霸 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

下载数据切换到工作目录:cd d/生信技能树-视频直播/第七讲 kegg2gene(第六讲kegg数据解析结果) 暂时不用新的kegg注释数据为了能够统一答案差异基因list和背景基因list 关 ...

题目人类基因组外显子区域长度学员:x2yline 具体题目详情请参考生信技能树论坛题目数据来源为:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_huma ...

学习感悟首先说明一下,我不算是完全从0开始学习,因为生物的知识和python的语言之前都知道一点,但说实话,我的python距离真正的实践还差的很远,也没有常用所以基本忘完. 真的很感谢群主和老师们 ...

题目:hg19基因组序列的一些探究学员:x2yline 具体题目详情请参考生信技能树论坛数据来源:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bi ...

貌似顺序有点怪异,我们都把1~8题给讲解完了,现在才开始第0题,很明显,这个是临时加入的,因为有很多没有编程基础的朋友也开始跟着我们学习了. 还不知道怎么回事的先查看历史题目: 生物信息学技能面试题( ...

还不知道怎么回事的先查看历史题目: 生信编程直播第0题-生信编程很简单! 生物信息学技能面试题(第1题)-人类基因组的外显子区域到底有多长生物信息学技能面试题(第2题)-探索人类基因组序列生物信息 ...

问题描述这个需求很常见,因为一般生物信息学数据比较大,比如sam,vcf,或者gtf,bed都是把所有染色体综合在一起的文件.如果想根据染色体把大文件拆分成小的文件呢?比如:ftp://ftp.ncb ...

json数据大家统一用我给的测试数据,自己在浏览器打开下载:http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/sample_data/json/modencod ...

最近在带领学徒,重现当初的 »生信技能树›互动作业›脚本能力实践›生信人必练的200个数据处理任务其中第11题,很有趣:把文件内容按照染色体分开写出学徒问我为什么标准答案是错的,然后我验证后的确发 ...

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