生信编程直播第七题：写超几何分布检验！ / 开普饭

据不完全统计,今年来基迪奥OmicShare云工具平台的KEGG和GO富集分析工具使用次数已经突破30,000+啦!KEGG和GO富集分析作为平台使用频率最高的工具之一,一直陪伴大家.听许多对生信还不 ...

前几天和大家介绍了一下GEO数据库以及使用GEO2R进行差异表达分析GEO2R差异表达分析软件.几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后,都会去做GO和KEGG富集分析.那么GO和KEGG都是什么?富 ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

富集分析基因富集分析(gene set enrichment analysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白.研究方法可分为三种:Over-Repressentation Analy ...

各位医学方的朋友,大家好.我是Flyman! 做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性,生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析,研究一下他们参与到什么 ...

问题描述这个需求很常见,因为一般生物信息学数据比较大,比如sam,vcf,或者gtf,bed都是把所有染色体综合在一起的文件.如果想根据染色体把大文件拆分成小的文件呢?比如:ftp://ftp.ncb ...

貌似顺序有点怪异,我们都把1~8题给讲解完了,现在才开始第0题,很明显,这个是临时加入的,因为有很多没有编程基础的朋友也开始跟着我们学习了. 还不知道怎么回事的先查看历史题目: 生物信息学技能面试题( ...

还不知道怎么回事的先查看历史题目: 生信编程直播第0题-生信编程很简单! 生物信息学技能面试题(第1题)-人类基因组的外显子区域到底有多长生物信息学技能面试题(第2题)-探索人类基因组序列生物信息 ...

json数据大家统一用我给的测试数据,自己在浏览器打开下载:http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/sample_data/json/modencod ...

题目人类基因组外显子区域长度学员:x2yline 具体题目详情请参考生信技能树论坛题目数据来源为:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_huma ...

学习感悟首先说明一下,我不算是完全从0开始学习,因为生物的知识和python的语言之前都知道一点,但说实话,我的python距离真正的实践还差的很远,也没有常用所以基本忘完. 真的很感谢群主和老师们 ...

题目:hg19基因组序列的一些探究学员:x2yline 具体题目详情请参考生信技能树论坛数据来源:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bi ...

最近在带领学徒,重现当初的 »生信技能树›互动作业›脚本能力实践›生信人必练的200个数据处理任务其中第11题,很有趣:把文件内容按照染色体分开写出学徒问我为什么标准答案是错的,然后我验证后的确发 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

生信编程直播第七题：写超几何分布检验！