PICRUSt2分析实战：16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组、新增KEGG层级 / 开普饭

据不完全统计,今年来基迪奥OmicShare云工具平台的KEGG和GO富集分析工具使用次数已经突破30,000+啦!KEGG和GO富集分析作为平台使用频率最高的工具之一,一直陪伴大家.听许多对生信还不 ...

KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, )(https://www.kegg.jp/)是系统分析基因功能. 基因组信息的数据库,它整合了基因组学.生 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 KEGG 数据库由Kanehisa Laboratories于1995年推出,现在已经发展成为一个综合性数据库.KE ...

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书)是一个整合了基因组.化学和系统功能信息的综合性数据库,旨在揭示生命现象的遗传物质与化 ...

KEGG数据库介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中,都会听说KEGG富集分析,而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环. 这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室在1 ...

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读明明测了100000条序列,为什么我用dada2得到的OTU丰度只有8000?是人性的扭曲还是道德的沦丧? ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

首先Qiime官网命令都集中在这个网址,大家可以收藏,随用随查: http://qiime.org/scripts/index.html 这次我们关注的是聚类OTU,与其相关的命令如下: 这里主要有三 ...

扩增子测序是一种高靶向性方法(对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序),用于分析特定基因组区域中的基因变异.PCR产品(扩增子)的超深度测序可以有效地识别变异并对其进行特征分析.总体思路是靶向地 ...

[toc] 写在前面从宏基因组中提取核糖体DNA序列,进行扩增子分析.扩增子数据的分析我们已经熟悉的非常熟悉了,只是从宏基因组中得到,这个过程不够熟悉.其次你以为直接提取出来的序列,直接上vseea ...

日线标准:20日均线和60日均线,5日均线和20日均线有比较大的夹角:60分钟的最低点离120周期均线距离超过10%,macd形成背离或者背驰.品种选择:创精选88:通信etf

推荐:江舜尧编译:团子菌编辑:小菌菌中南大学湘雅二医院彭伟军等人于2020年1月20日在微生物期刊Front Microbiol发表题目为<Integrated 16SrRNA Seque ...

推荐:江舜尧编译:Hancactus 编辑:小菌菌近日,同济大学环境科学与工程学院污染控制与资源化研究国家重点实验室李咏梅教授团队在环境科学与生态学顶级期刊Water Research(一区TOP ...

编译:Frank,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读在部分硝化厌氧氨氧化(PNA)反应器中,厌氧氨氧化菌的代谢能力以及相关微生物群落的相互作用因其在废水高效脱氮中的关键作用而受到 ...

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