16s分析之Qiime聚类OTU / 开普饭

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读明明测了100000条序列,为什么我用dada2得到的OTU丰度只有8000?是人性的扭曲还是道德的沦丧? ...

QIIME 2用户文档. 9数据导入 Importing data 原文地址:https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/importing/ 为了使用QIIM ...

导读网络上有很多16S rDNA扩增子测序数据的详细分析流程.但是很多初学者在拿到测序公司给的测序数据时,仍然不知道从何下手.究其原因,我们从测序公司拿到的数据是五花八门的,网上的分析流程虽然详 ...

首先提出一个问题:我们在测序公司得到数据,可能他们会给跑出otu.table文件,但是没有进化树,在影响到了后续的Aplha,beta多样性分析: 让我们开始解决这个问题: # 物种注释(如果没有注释 ...

还记得昨天最后一条命令吗? single_rarefaction.py -i otus/otu_table_mc2_w_tax.biom -ootu_table_even6073.biom -d 60 ...

摘要: 下面开始运行,提取我们需要的文件: cp -r ~/Desktop/Shared_Folder/gzhcs/ ~/Desktop/ 进入工作目录,查看文件(我随便找了两个测序文件,两组每组三个 ...

Qiime质控很快,但是去除嵌合体就不那么迅速了,上次16s分析之Qiime序列拼接没有给出数据和运行界面,可能体验会差一些,这次我给加上: 先说说质控命令: split_libraries_fast ...

摘要: join_paired_ends.py:该命令默认调用fastq-join,因此可以不用设置-m选项,若选用SeqPrep则需要设定-m选项 -m调用方法fastq-join, SeqPrep ...

16s分析到多样性后我们就开始对差异OTU 进行挑选基于原始count数目,我们参考两个包来做差异分析: library(DESeq2) library(edgeR) 这里当时是首先使用edgeR包 ...

QIIME 2021.4版本发布:https://docs.qiime2.org/2021.4/ 本文是软件介绍,接下来将更新软件中文使用教程 2010年发表于Nature Methods的QIIME ...

福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析.宏基因组.转录组的线上/线下同时开课.报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 .期待和 ...

俄亥俄州立大学Ann L. Griffen等人于2018年9月5日在<Microbiome>发表了题目为<High-resolution ISR amplicon sequencin ...

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