16s分析之Qiime数据整理+基础多样性分析

相关推荐

• MPB：使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据(视频)

  为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

• 16s分析之LEfSe分析学习笔记（数据整理的二三事）

  之前做 LEfSe 分析,使用全部的六个等级分类数据,总观测达到 1500,做出来树图很不好看,因此这次做一下调整: 1.  选择相对丰度在 0.001 以上的观测: 2.  将每个等级没有注释上名称 ...

• 用SPSS进行数据分析的基本步骤，包括： （ AD ） A. 提出问题、 抽象出统计学问题，确定统计方法、调查数据 、数据整理和加工 B. 录入数据、自动输出分析报告结果 C. SPSS系统自动选择统计方法 D. 数据统计分

  用SPSS进行数据分析的基本步骤,包括: (  AD  ) A. 提出问题. 抽象出统计学问题,确定统计方法.调查数据 .数据整理和加工 B. 录入数据.自动输出分析报告结果 C. SPSS系统自动选 ...

• 技术贴 | 16S专题 | 初学者如何深入解读16S rDNA扩增子测序数据，从而选择自己的分析步骤（满满干货～）

  导  读 网络上有很多16S rDNA扩增子测序数据的详细分析流程.但是很多初学者在拿到测序公司给的测序数据时,仍然不知道从何下手.究其原因,我们从测序公司拿到的数据是五花八门的,网上的分析流程虽然详 ...

• qPCR数据整理分析

  荧光定量PCR(qPCR)是实验室常用的一种技术,该技术可以应用于基因表达分析.基因分型. 病原体检测.SNP分析等.qPCR实验操作简单,原理易懂,但面对一堆凌乱的数据,如何进行结果分析成了最头疼的 ...

• R语言实现LEfse分析从数据整理到树形图绘制

  R语言完整的Lefse分析 写在前面 怎么说呢,我在之前的推送中,在R语言中实现了LEFse分析过程.但是我没有将数据前处理和结果的物种分类图形做出来.这是一定要在R语言中操作的,要不然,仅仅是实现了 ...

• 16s分析之Qiime中一些常用的命令学习笔记

  首先提出一个问题:我们在测序公司得到数据,可能他们会给跑出otu.table文件,但是没有进化树,在影响到了后续的Aplha,beta多样性分析: 让我们开始解决这个问题: # 物种注释(如果没有注释 ...

• 16s分析之Qiime聚类OTU

  首先Qiime官网命令都集中在这个网址,大家可以收藏,随用随查: http://qiime.org/scripts/index.html 这次我们关注的是聚类OTU,与其相关的命令如下: 这里主要有三 ...

• 16s分析之Qiime序列拼接（图文版）

  摘要: 下面开始运行,提取我们需要的文件: cp -r ~/Desktop/Shared_Folder/gzhcs/ ~/Desktop/ 进入工作目录,查看文件(我随便找了两个测序文件,两组每组三个 ...

• 16s分析之Qiime质控+去除嵌合体

  Qiime质控很快,但是去除嵌合体就不那么迅速了,上次16s分析之Qiime序列拼接没有给出数据和运行界面,可能体验会差一些,这次我给加上: 先说说质控命令: split_libraries_fast ...