16s分析之LEfSe分析学习笔记（数据整理的二三事） / 开普饭

同样的GEO数据库的NGS数据重新处理,按照往常的方式下载sra转为fq,链接是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE10233 ...

如下所示,有一份模拟的txt数据,想放到excel表格里面去分析如果我们直接CTRL A全选数据,CTRL C复制,然后在Excel里面CTRL V粘贴,数据就会变成如下所示情形一: 整行数据会放在 ...

excel如何导入TXT格式的文本数据?有时候我们要将数据通过其他格式的文本导入到excel中,这样可以避免重复输入,浪费时间.下面小编就来教大家操作方法. 1.首先我们要将图中的文本数据导入到exc ...

今天我们来一起学习一下PCoA分析:PCoA可以使用很多种距离的相异或者相似矩阵: 基于关联矩阵,所以它也会有表征其重要性的特征根: ################################# ...

突然有一天,师兄对我说,这么长时间了差异分析做了没啊?额,差异分析?之前不是做过吗?我开始 library(edgeR) :不是这个,那个 LEfSe!好吧,那就做 LEfSe 吧!什么是 LEfSe ...

R语言完整的Lefse分析写在前面怎么说呢,我在之前的推送中,在R语言中实现了LEFse分析过程.但是我没有将数据前处理和结果的物种分类图形做出来.这是一定要在R语言中操作的,要不然,仅仅是实现了 ...

还记得昨天最后一条命令吗? single_rarefaction.py -i otus/otu_table_mc2_w_tax.biom -ootu_table_even6073.biom -d 60 ...

用SPSS进行数据分析的基本步骤,包括: ( AD ) A. 提出问题. 抽象出统计学问题,确定统计方法.调查数据 .数据整理和加工 B. 录入数据.自动输出分析报告结果 C. SPSS系统自动选 ...

荧光定量PCR(qPCR)是实验室常用的一种技术,该技术可以应用于基因表达分析.基因分型. 病原体检测.SNP分析等.qPCR实验操作简单,原理易懂,但面对一堆凌乱的数据,如何进行结果分析成了最头疼的 ...

有一天我在网上发现了这篇文章(当然我是后知后觉): 看到了这张图片: 穷人总是想法多,处于做功能预测的需求,而且本人做的是土壤,我看到这里,就想尝试一下这种方法: 官方网址:http://tax4fu ...

首先提出一个问题:我们在测序公司得到数据,可能他们会给跑出otu.table文件,但是没有进化树,在影响到了后续的Aplha,beta多样性分析: 让我们开始解决这个问题: # 物种注释(如果没有注释 ...

16s分析之LEfSe分析学习笔记（数据整理的二三事）