经常提到的KEGG数据库是什么样子的
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一文读懂KEGG数据库
KEGG数据库介绍 在进行生物学实验或者生物信息的学习中,都会听说KEGG富集分析,而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环. 这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室 在1 ...
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技术贴 | 微生太宏基因组报告解读 | 第六篇:功能分析-基于KEGG数据库
本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 KEGG 数据库由Kanehisa Laboratories于1995年推出,现在已经发展成为一个综合性数据库.KE ...
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发表在nature protocol上的相互作用数据库是什么样子的(一)
写在前面 对于相互作用分析,之前我们介绍过BioGRID以及STRING数据库.这两个数据库主要还是用来分析基因与基因之间的相互作用.我们知道相互作用分析,除了基因和基因之间的相互作用其实还存在比如: ...
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KEGG数据库的rest API(附带R语言小技巧)
发现感兴趣的KEGG ID居然不在KEGG.db包里面,比如: hsa05034 Alcoholism hsa05030 Cocaine addiction 导致下面的代码失效: library(KE ...
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讨论如何使得go或者kegg数据库富集结果展现的更好
现如今,go或者kegg数据库富集已经是太平常不过的分析了. 绝大部分数据挖掘,不管是通过差异分析还是生存分析,都会拿到基因集,就可以进行这样的分析. 我们以DOSE包的内置数据集geneList为例 ...
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使用biopython解析kegg数据库
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发表在Nature Methods上的疾病相关基因检索数据库是什么样子的
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发表在nature protocol上的相互作用数据库是什么样子的(二)
昨天我们介绍了ConsensusPathDB的基本功能以及其在蛋白相互作用查找当中的使用.今天我们继续把ConsensusPathDB剩下的功能来进行介绍.2. 基因富集分析2.1 数据库输入对于这类 ...
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数据库|最全的KEGG使用教程在这里!
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书)是一个整合了基因组.化学和系统功能信息的综合性数据库,旨在揭示生命现象的遗传物质与化 ...