下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了

相关推荐

• MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据

   本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货. 1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输入: https://w ...

• 踩坑日志 | kingfisher 公共测序数据 SRA/Fastq 下载神器！

  导言 前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

• 【数据库】SRA数据库介绍及数据下载

  [数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

• 去broad官网下载msigdb数据库文件很麻烦

  我在:借鉴escape包的一些可视化GSVA或者ssGSEA结果矩阵的方法 和 对单细胞表达矩阵做gsea分析的两个教程里面提到过,MSigDB(Molecular Signatures Databa ...

• SRA数据库的数据并不一定要在SRA数据库下载

  SRA数据库的数据并不一定要在SRA数据库下载

• 使用aspera从EBI下载fastq数据，抛弃NCBI的SRA数据库吧！

  前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站,都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程,其实是因为我本人一直不在中国大陆,所以没有网络问题.但是学生们不一样,同样 ...

• SRA数据库不仅仅是可以存放fastq原始数据

  最近刷单细胞文章看到了一个很有意思数据存放细节,这个文献的标题是:<Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes an ...

• MP4视频文件修复器下载|MP4视频文件修复器 V2.0 绿色版

  MP4视频文件修复器是款可以恢复各种摄像机录制的mp4视频文件的视频修复工具,支持解决因误删视频.格式化.误克隆等情况下造成视频文件数据丢失,并采用了碎片重组功能,可扫描和恢复视频,同时支持播放操作. ...

• SRA数据库简介

  简介 SRA是NIH的高通量测序数据的主要档案,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,包括NCBI序列阅读档案(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库. 日本(DDBJ). ...

• 解读SRA数据库规律一文就够

  做数据分析的朋友都知道NGS测序数据一般会上传到SRA数据库里面,而这个数据库是可以免费无限制下载的,所以对它有基本的了解是一个生物信息学工程师的基本素养.下面就跟着我一起来掌握它吧. 一般的文章里面 ...

• sra数据库的fastq测序数据已经同步到亚马逊云了

  四年前我写过介绍GEO和SRA数据库的推文 : 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 其实就是耗费一点时间去摸索如何在这两个数据库里面查询下载自己感兴趣的文章的数据.注 ...