SRA数据库简介 / 开普饭

最近刷单细胞文章看到了一个很有意思数据存放细节,这个文献的标题是:<Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes an ...

前些日子我们<生信技能树>的工程师做了一个ATAC-seq的项目,给客户汇报结果的时候,照例提供了全套代码.不过这次是从fq文件开始,所以大量代码都是在Linux平台的命令行而已,虽然给了 ...

当我们需要一些NGS数据时,一般会去NCBI或者EBI的数据库中下载.但是当我们用wget下载时,时常会出现断开连接或者网络下载速度缓慢,对于几十G或者上百G的数据,下载无计可施,这是则可以使用Asp ...

本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货. 1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输入: https://w ...

导言前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

是时候把生信技能树的舞台交给后辈! 粉丝来稿作者:黑川五郎写在前面单细胞转录组以10X公司为主流,单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一 ...

笔记接上篇[Linux 笔记]Linux 基本操作 - 03. shell脚本编程.笔记大部分源于生信技能树的B站视频教程[生信技能树]生信人应该这样学linux(更新至第14集),如有需要,可去欣赏 ...

最近接触的单细胞文献比较多,发现不同文章的测序数据公布的地方很不一样,有的不让下载,有的是需要授权审核才能下载,有的是完全公开下载.很有意思,分享一下: 有的是干脆不让下载当我们想下载病人测序原始数 ...

基因组学在生物学科的发展中,具有划时代的意义.同时,很多人在刚进入生物信息学领域时,最先接触的也往往是组装基因组,注释基因组.这在我们生信技能树的公号里有详细的教程,需要者可去公号get资源.前面ji ...

距离公布要带500个优秀本科生入门生物信息学的活动不到一个月,虽然真正入选不到一百,但是培养成绩喜人,出勤率接近百分之百,大部分人在短短两个星期就完成了R基础知识学习,Linux认知,甚至看完了转录组 ...

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

A 什么是GEO数据库? GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库.它创建于2000年,收录了世 ...

转录组测序(RNA-Seq)是当下生物医学科研领域的热点技术,在SCI论文中频频亮相.但是无论是以RNA-Seq为试验主体的论文,还是以RNA-Seq为分析辅助手段的论文,在发表之前总是绕不开一个问题 ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

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