初步尝试从AWS下载SRA原始数据 / 开普饭

导言前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

写在前面课题需要,前述,在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能.在这个功能的辅助下,我们较快的完成了阶段任务.筛选数据完成了,但是下载数据却出现了问题 ...

写在前面首先说几句话: 本小结代码不需要运行,只是告诉大家数据来源和这份代码的来源: 本小结的软件也不需要安装. 如果没有Ubuntu的随便安装一个就可以16-20都可以运行,例如: 下载一个Qii ...

刘冰自主探究式教学课题在初中数学教学中经过三年的研究,取得一定成效,我们创立了一个适应当前数学教育发展和类同我校校情的一个教学模式,在教学中取得显著成效.今年学校安排我教高一,通过一段时间的尝试,我 ...

奥地利纳粹分子叛乱被政府镇压第一次世界大战以后,奥匈帝国宣告瓦解.<凡尔赛和约>和<圣日耳曼和约>明文规定,奥地利应为独立国家,禁止德国和奥地利合并,并指定英法为奥地利的保护 ...

最近下载一个文章的数据,发现3个数据,就有3种结果:$cat logs/down.log.4$cat need.sra.list |while read id;do ( ~/biosoft/sra ...

作者洪小尘换个角度洞察世界一叶轻舟期待与你相遇发现更好的所在一海报 6月26日,黄山市老年大学戏曲协会黄梅研修班一行80多人,怀着对洪雪飞戏剧家的尊敬,寻找洪雪飞的足迹,送戏下村, ...

猜歌星球与同类型猜歌产品也并没有形成显著的差异和优势.其直接的优势或许在于腾讯旗下TME本身强大的音乐版权储备,但目前并未看到猜歌星球与TME生态之间有更深的联系或联动. 作者 | 任彤瑶编辑 | ...

摘要:实验教学与课堂理论都一样存在相同的重要意义.寄生虫的检查是在该专业的重要的课程,对教学的质量方面也是必不可少的,提高教学质量是学好这门课程的关键,在以前的寄生虫的实验教学中大部分的过程是先听教 ...

本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货. 1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输入: https://w ...

大家看我在生信技能树发布的各个NGS组学的视频教程, 基本都是随手找到一篇文章,就去查询其原始数据,通常是在NCBI的SRA,然后使用prefetch下载sra文件,有的时候还好使用aspera进行加 ...

初步尝试从AWS下载SRA原始数据