三阴性乳腺癌表达矩阵探索之数据下载及理解 / 开普饭

昨天我们GEO数据库的检索方式.但是对于里面的每一个数据集内容没有详细的解释,这次呢,我们就来介绍一下每个数据集里面包括哪些内容. 这次我们用GSE79973数据集进行介绍.(https://www. ...

安装并导入要用到的R包 BiocManager::install("clusterProfiler") #感谢Y叔的clusterprofiler包 BiocManager::in ...

现在TCGA数据下载的代码满天飞,例如以使用TCGAbiolinks下载为例: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRU ...

之前在介绍GEO数据库数据分析的时候,我们介绍过GEO2R这个在线的分析GEO芯片数据的工具.但是对于GEO里面的一些二代测序的数据,就没办法进行分析了.最近新发布了一个在线的数据库eVITTA,则可 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了!(视频观看方式见文末) 下面是<GEO数据挖掘课程>的配套笔记文献解读1:Comprehensive Genomic Anal ...

以第一个基因为例,根据group_list来检验在分组之间是否存在差异 load(file='step1-output.RData') dat[1:4,1:4] table(group_list) # ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第3篇) B站课程<三阴性乳腺癌表达矩阵探索>笔记之文献解读三阴 ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定 ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定 ...

最近朋友圈被复旦大学邵志敏团队的三阴性乳腺癌队列研究刷屏了,比较中规中矩的报道大概是: 比较媒体风格的就是: 当然很容易勾起来我的兴趣,但是我看了几乎所有的报道,发现大家其实都没有说清楚这个研究到 ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第5篇) B站课程<三阴性乳腺癌表达矩阵探索>笔记之文献解读三阴 ...

文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定义 PAM50的介绍在临床实践中,就需要HR阳性,HER2阴性乳腺癌的预后和预测模型,为了实现这些目的,基因检测,如Oncotyp ...

针对三阴性乳腺癌,目前仅有两款药物上市.分别是罗氏制药子公司 Genentech 研发的 Tecentriq(atezolizumab,以下简称:T 药)以及 Immunomedics(NASDAQ: ...

三阴性乳腺癌表达矩阵探索之数据下载及理解