三阴性乳腺癌表达数据探索笔记之GSVA分析 / 开普饭

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书接上文,gsva后续的处理很简单,如果熟悉差异基因分析包limma的话,更是简单.之前我们得到的gsva分数的矩阵就类似于基因表达矩阵,按照这个思路继续往下即可: 从通路的表达矩阵开始,我们进行差异 ...

"R实战"专题·第7篇编辑 | 科白维尼 1898字 | 4分钟阅读本期推送内容相关性分析通常用来定量描述两个变量之间的联系,正相关?负相关?不存在相关?等.常见相关 ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

本篇文章价值超200元,为什么这么说呢,我在网上查询GSVA资料的时候看到一个课程,标价是200,23人学过.作为一个在线课程,录制完以后就可以持续的收益,不说远了,5年后还是会有人买这个课程,所以说 ...

以第一个基因为例,根据group_list来检验在分组之间是否存在差异 load(file='step1-output.RData') dat[1:4,1:4] table(group_list) # ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第3篇) B站课程<三阴性乳腺癌表达矩阵探索>笔记之文献解读三阴 ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定 ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了!(视频观看方式见文末) 下面是<GEO数据挖掘课程>的配套笔记文献解读1:Comprehensive Genomic Anal ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了!(视频观看方式见文末) 下面是<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第二篇) 了解数据挖掘公共数据库:(数据来源) GEO和TCG ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第5篇) B站课程<三阴性乳腺癌表达矩阵探索>笔记之文献解读三阴 ...

文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定义 PAM50的介绍在临床实践中,就需要HR阳性,HER2阴性乳腺癌的预后和预测模型,为了实现这些目的,基因检测,如Oncotyp ...

针对三阴性乳腺癌,目前仅有两款药物上市.分别是罗氏制药子公司 Genentech 研发的 Tecentriq(atezolizumab,以下简称:T 药)以及 Immunomedics(NASDAQ: ...

中国最早的医学典籍<黄帝内经>早在两千多年前就指出:圣人不治已病治未病.不过,早期发现癌症的主要障碍之一是我们对肿瘤启动事件了解不足.历来,癌症研究一直集中于已发生肿瘤的组织学和分子学特征 ...

三阴性乳腺癌表达数据探索笔记之GSVA分析