价值超200元 GSVA基因集变异分析--一个课题的开始 / 开普饭

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定 ...

Lung metastases share common immune features regardless of primary tumor origin 肺转移瘤具有共同的免疫特征,无论其原发肿 ...

GSVA其实就是pathway级别的差异分析,根据GSVA的原理其实就是计算每个sample的GSEA然后得出类似pathway enrich score,把这个可以当作芯片的表达数据一样,再用lim ...

GSEA 相信看过我生信菜鸟团博客的朋友都已经耳熟能详了的,其需要样本的描述以及分组信息,来计算每个基因的差异度量对它们进行排序,然后走GSEA. 虽然有ssGSEA这样的单样本的分析,但仍然不够,也 ...

与此同时,不少粉丝对GSVA或者ssGSEA分析方法提出了要求,变相催稿.其实GSVA或者ssGSEA是有成熟的工具,我暂时没有找到它们的卖点.不过,我注意到了一个GitHub包,ncborcherd ...

五月份的学徒专注于GEO数据库里面的表达量芯片数据处理,主要的难点是表达量矩阵获取和探针的基因名字转换,合理的分组后就是标准的差异分析,富集分析.主要是参考我八年前的笔记: 解读GEO数据存放规律及下 ...

一文解读非肿瘤纯生信文章从小白的角度,30分钟复现生信套路.今天为大家带来一篇2020年5月发表于中山大学学报的生信文章<基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测>的复现 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

(现在学习量和弹幕都非常少,大家的机会来了哦!) https://www.bilibili.com/video/av81874183 前奏最近做的生存分析都是奇奇怪怪的,从来没有重复出作者的图.哈哈 ...

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID.超几何富集分析等.都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation ...

五月份的学徒专注于GEO数据库里面的表达量芯片数据处理,主要的难点是表达量矩阵获取和探针的基因名字转换,合理的分组后就是标准的差异分析,富集分析.主要是参考我八年前的笔记: 解读GEO数据存放规律及下 ...

昨天的我可以为你做些什么好像阅读量不高,不过效果还是蛮显著的,跟部分粉丝聊了聊,希望对他们有帮助吧! 我们的生信故事会一直在征稿,详见:生信故事会栏目征稿启事下面分享一下最新投稿,讲述跨专业转行学习 ...

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