GSVA分析 / 开普饭

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定 ...

write.table(es.max, file="GSVA_MsigDb_result.txt",sep="\t", quote=F,row.names = ...

以前一直用经典的MCP法分免疫浸润总感觉不好上篇文章上也写过这次用肠癌单细胞6万多的细胞的特异性基因,特异性基因我是一个一个看的,我选的标准是logfc大于1,而且如果是肿瘤细胞的特异性基因,那 ...

以下代码需要加载 GSEABase 包: 读取gmt文件看看GeneSetCollection 对象自己去下载 h.all.v7.2.symbols.gmt 文件哦,在msigdb数据库可以找到. ...

应用说明设备的稳定运行是保证生产的根本,当设备出现问题需要即时排查.为了方便用户查找故障原因,往往需要将触发设备故障/报警的原因在上位机(例如:HMI)显示出来.传统的方法是将设备的故障/报警代码和 ...

书接上文,gsva后续的处理很简单,如果熟悉差异基因分析包limma的话,更是简单.之前我们得到的gsva分数的矩阵就类似于基因表达矩阵,按照这个思路继续往下即可: 从通路的表达矩阵开始,我们进行差异 ...

Python之Pandas:pandas.read_csv()函数的简介.具体案例.使用方法详细攻略read_csv()函数的简介read_csv函数,不仅可以读取csv文件,同样可以直接读入txt文 ...

与此同时,不少粉丝对GSVA或者ssGSEA分析方法提出了要求,变相催稿.其实GSVA或者ssGSEA是有成熟的工具,我暂时没有找到它们的卖点.不过,我注意到了一个GitHub包,ncborcherd ...

<道德经>"玄之又玄,众妙之门" gsea和gsva算法大家应该是都很熟悉了,我也多次讲解: GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) GSEA的统计学原理试讲 GSV ...

(现在学习量和弹幕都非常少,大家的机会来了哦!) https://www.bilibili.com/video/av81874183 前奏最近做的生存分析都是奇奇怪怪的,从来没有重复出作者的图.哈哈 ...

多组学通路富集分析工具:ActivePathways ActivePathways是一种在分子通路.生物学过程和其他类型基因集的背景下分析多个组学数据集的方法.该软件包通过合并p值来组合基因或蛋白质水 ...

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID.超几何富集分析等.都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation ...

本篇文章价值超200元,为什么这么说呢,我在网上查询GSVA资料的时候看到一个课程,标价是200,23人学过.作为一个在线课程,录制完以后就可以持续的收益,不说远了,5年后还是会有人买这个课程,所以说 ...

在GSEA分析中,在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了很多基因集,下载的基因集是gmt格式文件.下载的gmt格式文件,打开后可以看见是下面这个样子 ...

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