转录组表达矩阵为什么需要主成分分析以及怎么做 / 开普饭

数学的魅力在于,简单的模型可以做伟大的事情." 现代数据科学中并不缺乏花哨的算法和技术.技术很容易学习,但也很容易落后.然而,从长远来看,数学的基础可以使人受益.协方差矩阵是一个简单而有用的 ...

探索性数据分析是数据科学模型开发管道的重要组成部分.数据科学家将大部分时间花在数据清洗.特征工程和执行其他数据整理技术上.降维是数据科学家在执行特征工程时使用的技术之一. 降维是将高维数据集转换为可比 ...

主成分分析(Principal components analysis,以下简称PCA)是最常用的降维方法之一,在数据压缩和消除冗余方面具有广泛的应用,本文由浅入深的对其降维原理进行了详细总结. 目录 ...

最近在读AUCell包的文档,链接是:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AUCell.html,这个包的教程我已经写完了, 在 :使 ...

背景介绍早在2015年发表在Nat. Biotechnol文章就提出了 scLVM (single-cell latent variable model)来在单细胞转录组数据里面去除细胞周期影响但 ...

rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~ options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时,将stringsAsFactors设置为 ...

貌代码被折叠了,大家需要阅读原文才能复制粘贴我代码在Rstudio里面直接运行,几分钟就可以学会15个图的制作! basic visualization for expression matrix j ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! SRA->FASTQ->BAM->COUNTS 这几个步骤而已,中间穿插一些质控的手段,每 ...

在第一讲我们详细介绍了GEO数据库的基础知识及规律,也了解了如何利用官方R包GEOquery来探索GEO数据库,当然,我的生信菜鸟团博客里面也从很多其它角度解析过它,欢迎大家自行搜索学习.总得来说,从 ...

通过前面的讲解,我们顺利的了解了GEO数据库以及如何下载其数据,得到我们想要的表达矩阵,也学会了两个常用的套路分析得到的表达矩阵,就是GSEA分析和差异分析.也通过超几何分布检验的方法成功的理解了我们 ...

文章发表于 (2013). "Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression da ...

发表这个算法的文章是:Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitr ...

转录组表达矩阵为什么需要主成分分析以及怎么做