表达矩阵可视化大全 / 开普饭

TCGA数据加载 #安装并加载R包if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna. ...

对otu的差异分析并不是我们唯一的选择,差异往大的做,可以往往门,纲,目,科做. 今天要做一张长的图,我们可以和别的图一起配合使用会好? 比如这篇文章,还是挺好看的: 下面是一份完整的代码,我仅仅只做 ...

火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大:纵坐标为P value(P值),值越大差异越显著.得名原因也许是因为结 ...

前面我们做了TCGA的差异分析,并且用ggplot2验证了差异分析的准确性,TCGA差异分析及ggplot作图验证,而差异分析后一般会又热图和火山图,热图我们之前也有说过热图系列1,R语言学习系列之& ...

安装R包 # library(ggClusterNet) # 可以直接安装这个github包提取测试数据,或者导入ps_liu.rds,可在公众号后台输入:数据,获取 library(ggplot2) ...

CLL 随着新药崛起,CLL中的移植在下降,但是BTK后也亟需新的疗法,目前发现CLL患者中T细胞有些缺陷比如耗竭标志物升高,这可能也是CAR T在CLL中不如DLBCL的原因 Tisa-cel和A ...

# 6. 可视化展示 ---------------------------------------------------------------- ##6.1 火山图 library(ggplot ...

书籍翻译好的书籍是人类进步的阶梯,但有些人却找不到优秀的阶梯,为此我们开设了书籍翻译这个栏目,作为你学习之路的指路明灯:分享国内外优秀书籍,弘扬分享精神,做一个知识的传播者. 希望大家能有所收获! ...

目录一.离散型变量的可视化 1 饼图 1.1 matplotlib模块 1.2 panda模块 2 条形图 2.1 matplotlib模块 2.1.1 垂直或水平条形图 2.1.2 堆叠条形图 2 ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! SRA->FASTQ->BAM->COUNTS 这几个步骤而已,中间穿插一些质控的手段,每 ...

在第一讲我们详细介绍了GEO数据库的基础知识及规律,也了解了如何利用官方R包GEOquery来探索GEO数据库,当然,我的生信菜鸟团博客里面也从很多其它角度解析过它,欢迎大家自行搜索学习.总得来说,从 ...

发表这个算法的文章是:Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitr ...

最近生信技能树的很多朋友反馈一个GEOquery的bug,而且这个错误对初学者来说,是不可能解决的问题,值得分享一下!(2018-11-27 计) 就是昨天推文末尾的小测试: GEOquery包的ge ...

事情起源于,某个吃了很多汉堡王一起学习的日子,技能树一众学徒一起学习从GEO数据挖掘到limma差异分析等等等. 选的数据集倒是很有.趣.依据原始表达矩阵随便画的热图是这样的

我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述)给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战,所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期: RNA-seq的counts值,RPM, RP ...

我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述)给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战: 所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期:表达矩阵的归一化和标准化,去除极端值,异常值 ...

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