表达矩阵的归一化和标准化,去除极端值,异常值
相关推荐
-
熵权法(客观赋权法)超详细解析
熵权法 熵权法是一种客观赋权方法.(客观 = 数据本身就可以告诉我们权重) 依据的原理:指标的变异程度越小,所反映的信息量也越少,其对应的权值也应该越低. 文章目录 熵权法 一.方法介绍 二. ...
-
机器学习:模型评价指标总结
子曰:"温故而知新,可以为师矣. 混淆矩阵 混淆矩阵是一种特定的矩阵用来呈现算法性能的可视化效果,通常用于二分类模型.其每一列代表预测值,每一行代表的是实际的类别. 其实就是把所有类别的预测 ...
-
收藏贴之一 | 写过热图工具的人,给你理清热图数据标准化
写在前面 热图,或称热力图,是外文 Heatmap 的直译.在几乎所有数值分析相关工作中都可以看到.生物信息学数据,自然躲不过.无论是形态数据,还是基因拷贝数数据,或是基因表达量,都可以使用热图来进行 ...
-
如果表达矩阵被归一化会发生什么
事情起源于,某个吃了很多汉堡王一起学习的日子,技能树一众学徒一起学习从GEO数据挖掘到limma差异分析等等等. 选的数据集倒是很有.趣.依据原始表达矩阵随便画的热图是这样的
-
什么,你一定要基于FPKM标准化表达矩阵做单细胞差异分析
学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是<生信入门第7期>学员的分享 最近看到有一个简单的数据挖掘文章,就做了一个单细胞表达矩阵的差异分析,然后强行解释一波.而 ...
-
在单细胞转录组表达矩阵里面去除细胞周期影响
背景介绍 早在2015年发表在Nat. Biotechnol文章就提出了 scLVM (single-cell latent variable model)来在单细胞转录组数据里面去除细胞周期影响 但 ...
-
表达矩阵可视化大全
貌代码被折叠了,大家需要阅读原文才能复制粘贴我代码在Rstudio里面直接运行,几分钟就可以学会15个图的制作! basic visualization for expression matrix j ...
-
lncRNA实战项目-第四步-得到表达矩阵的流程
响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! SRA->FASTQ->BAM->COUNTS 这几个步骤而已,中间穿插一些质控的手段,每 ...
-
从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够
在第一讲我们详细介绍了GEO数据库的基础知识及规律,也了解了如何利用官方R包GEOquery来探索GEO数据库,当然,我的生信菜鸟团博客里面也从很多其它角度解析过它,欢迎大家自行搜索学习.总得来说,从 ...
-
使用CGP数据库的表达矩阵进行药物反应预测
发表这个算法的文章是:Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitr ...
-
要读源代码才能解决的报错-GEOquery下载表达矩阵缺样本名
最近生信技能树的很多朋友反馈一个GEOquery的bug,而且这个错误对初学者来说,是不可能解决的问题,值得分享一下!(2018-11-27 计) 就是昨天推文末尾的小测试: GEOquery包的ge ...
-
转录组表达矩阵为什么需要主成分分析以及怎么做
我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述)给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战: 所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期:表达矩阵的归一化和标准化,去除极端值,异常值 ...