TCGA数据分析系列之火山图 / 开普饭

写在前面 ggplot的截断坐标轴一直以来做的不是很好,plot可以有一些比较复杂应用的函数可以解决截断坐标轴问题,但是ggplot出的大部分图表似乎无能为力.这里为大家介绍gg.gap包,用于ggp ...

最近看到很多人问下面这个图怎么绘制,看着确实不错.于是我查了一些资料,这个图叫split violin或者half violin,本质上是一种小提琴图.参考代码在https://gist.github ...

火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大:纵坐标为P value(P值),值越大差异越显著.得名原因也许是因为结 ...

写在前面虽然微生信生物写过许多的东西,但是确实做好很细心,很认真,并且考虑到大家的运行环境的教程并不多,随着我的成长,这些方面的东西,也慢慢在大家的反馈中得到了注意,并逐渐提高.比如今天这篇:有的话 ...

对otu的差异分析并不是我们唯一的选择,差异往大的做,可以往往门,纲,目,科做. 今天要做一张长的图,我们可以和别的图一起配合使用会好? 比如这篇文章,还是挺好看的: 下面是一份完整的代码,我仅仅只做 ...

肿瘤基因组图谱(TCGA)计划是由美国National Cancer Institute(NCI)和National Human Genome Research Institute(NHGRI)于20 ...

所谓工欲善其事,必先利其器,从今天开始,我们来介绍TCGA数据库的使用.今天我们来介绍一款非常容易上手的数库:GEPIA2:http://gepia2.cancer-pku.cn/#index 话不多 ...

UALCAN:(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)是一个综合的.用户友好的.交互式的web资源,用于分析癌症组学数据.UALCAN的设计目的是: 提供对公开的 ...

今天继续我们TCGA在线数据库系列.今天介绍的数据库是LinkedOmic,http://www.linkedomics.org/login.php可谓是航母级数据库,没有做不到的,只有想不到的.话不 ...

我们的TCGA数据分析系列已经出过几期 TCGA数据分析系列(一) TCGA数据分析系列(二):数据库之GEPIA2 TCGA数据分析系列(二):UALCAN数据库 TCGA数据分析系列(二):Lin ...

前面我们出了一系列的TCGA数据分析教程 TCGA数据分析系列(一) TCGA数据分析系列(二):数据库之GEPIA2 TCGA数据分析系列(二):UALCAN数据库 TCGA数据分析系列(二):Li ...

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今天继续我们TCGA在线数据库系列.今天介绍的数据库是LinkedOmic,http://www.linkedomics.org/login.php可谓是航母级数据库,没有做不到的,只有想不到的.话不 ...

九天阊阖开宫殿,万国衣冠拜冕旒. 在强大的物质文明之上,唐朝有着非常丰富的精神文明大餐. 耕地面积达到八百五十万顷.天宝八年,官仓存粮达九千六百万石.因此耕牛在农业生产中的重要性,耕稼之本衣食之源,农 ...

TCGA数据分析系列之火山图