TCGA差异分析及ggplot作图验证 / 开普饭

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事. TCGAbiolinks数据下载TCGA数据下载TCGA数据的方法有很多,但比较好用的包我认为就是TCGAbiolinks,T ...

前言: 距离第一次听说生信已经十几年了,现在是邋遢大叔重新开始学代码,精力确实已不像从前,各位入坑还是要乘早.后来约莫在5年前,课题组当时有个RNA-Seq数据,lab meeting时听瑞典小哥在汇 ...

健明 5分钟前刚出武汉高铁站: 看着新学徒慢慢成长,很开心,虽然TCGA教程我都写了几百篇了,而且录制了长达15个小时的教学视频,不过毕竟是站在自己的角度和背景知识在解读,不一定适合所有人,一起来看看 ...

目前bioconductor社区有27个流程,早在2015/2016年我组织生信菜鸟团小伙伴建设bioconductor中文社区的时候就想系统性的学习和分享,一晃四五年过去了, 我们的biocondu ...

最近看到很多人问下面这个图怎么绘制,看着确实不错.于是我查了一些资料,这个图叫split violin或者half violin,本质上是一种小提琴图.参考代码在https://gist.github ...

写在前面 PLS_DA 我在第一次使用的时候用于代谢组数据的区分,样本数量少,并且组件区分不是很明显.后来也就无所谓是什么数据了,作为一种降维方法,运用于什么组学倒是无所谓,只要找到我们需要的差异,也 ...

前面的教程不同癌症的差异难道大于其与正常对照差异吗,以及大样本量多分组表达量矩阵分析你难道没想到单细胞吗,我们认识了TCGA数据库的33种癌症的全部的表达量矩阵,并且格式化保存为了 Rdata 文 ...

一.R包的安装 0. 设置镜像 R和bioconductor的主服务器都在国外,设置镜像加快下载速度. ## ====修改镜像====options(repos=c(CRAN="https: ...

本文为群中小伙伴进行的一次差异分析探索的记录. 前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析 ...

有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA 数据库的用法,正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能.所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧. 有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA ...

最近我们最优秀的R语言讲师小洁也开启了TCGA知识库打卡之旅,分享一下她其中一个学习成果,TCGA(转录组)差异分析三大R包及其结果对比. 如果你跟着她的教程学会了相关分析,可以尝试完成一个学徒作业: ...

当我们拿到一个基因,肯定是想知道它的各种基本信息,今天的教程可以做到 1 任意一个肿瘤在泛癌中的表达情况 2 任意一个基因在肿瘤和正常组织中的表达情况 3 任意一个基因在肿瘤不同分期,不同性别等临床特 ...

TCGA差异分析及ggplot作图验证