差异分析|DESeq2完成配对样本的差异分析 / 开普饭

因为没拿到raw counts,拿到的是DESeq2 normlized matrix,为了有谱,拿airway数据用DESeq2处理两次,看下结果,比较一下是不是可行! 可行性以及解释,各位看官,往 ...

前言: 距离第一次听说生信已经十几年了,现在是邋遢大叔重新开始学代码,精力确实已不像从前,各位入坑还是要乘早.后来约莫在5年前,课题组当时有个RNA-Seq数据,lab meeting时听瑞典小哥在汇 ...

前面的教程不同癌症的差异难道大于其与正常对照差异吗,以及大样本量多分组表达量矩阵分析你难道没想到单细胞吗,我们认识了TCGA数据库的33种癌症的全部的表达量矩阵,并且格式化保存为了 Rdata 文 ...

以第一个基因为例,根据group_list来检验在分组之间是否存在差异 load(file='step1-output.RData') dat[1:4,1:4] table(group_list) # ...

差异分析包含两类数据:芯片数据+测序数据芯片数据:limma包分析测序数据:edgeR包+DESeq2包分析 edgeR包+DESeq2包分析counts数据 counts为数值型,整数 FPKM ...

最近我们最优秀的R语言讲师小洁也开启了TCGA知识库打卡之旅,分享一下她其中一个学习成果,TCGA(转录组)差异分析三大R包及其结果对比. 如果你跟着她的教程学会了相关分析,可以尝试完成一个学徒作业: ...

前面我们在生信技能树系统性介绍了大量RNA-seq相关背景知识,以及表达矩阵分析的一般流程 RNA-seq这十年(3万字长文综述) RNA-seq的counts值,RPM, RPKM, FPKM, T ...

我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述) 给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战,所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期: 箱线图的生物学含义这一讲我们来说一下lim ...

比较一个班级的学生在大学一年级和二年级的体重是否有显著差异,用下列哪个分析工具: ( C ) A. 二维频数分析 B. 独立样本T检验 C. 配对样本T检验 D. 一维 ...

采集某行业在五个不同地区的职工工资,需要分析不同地区的平均工资是否有显著差异,用下列哪个分析工具: ( A ) A. 方差分析 B. 独立样本T检验 C. 配对样本T检验 ...

分析某地区居民定期存款金额均值与3万元是否有显著差异,用下列哪个分析工具最合适: ( A ) A. 单样本T检验 B. 独立样本T检验 C. 配对样本T检验 D. 一维 ...

分析三个省市职工工资均值是否有显著差异,用下列哪个分析工具: ( D ) A. 单样本T检验 B. 两个独立样本T检验 C. 配对样本T检验 D. 方差分析

采用3种不同的包装方式分别在5个商场试销商品2个月.分析不同包装方式的销售量是否有显著差异,用下列哪个分析工具: ( B ) A. 单样本T检验 B. 方差分析 C. 独立样本T检验 ...

分析销售不同颜色的汽车的销售量是否有显著差异,用下列哪个分析工具: ( D ) A. 独立样本T检验 B. 配对样本T检验 C. 单样本T检验 D. 方差分析

分析不同收入水平(高.中.低)花费在看电影的费用上是否有显著差异,用下列哪个分析工具: ( B ) A. 单样本T检验 B. 方差分析 C. 独立样本T检验 D. 配对 ...

分析5个地区的职工收入是否有显著差异,用下列哪个分析工具: ( C ) A. 独立样本T检验 B. 配对样本T检验 C. 方差分析 D. 单样本T检验

差异分析|DESeq2完成配对样本的差异分析