比较不同流程（limma/voom，edgeR，DESeq2 ）差异分析的区别 / 开普饭

差异分析包含两类数据:芯片数据+测序数据芯片数据:limma包分析测序数据:edgeR包+DESeq2包分析 edgeR包+DESeq2包分析counts数据 counts为数值型,整数 FPKM ...

TCGA数据加载 #安装并加载R包if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna. ...

本文为群中小伙伴进行的一次差异分析探索的记录. 前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析 ...

我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述) 给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战,所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期: 箱线图的生物学含义这一讲我们来说一下lim ...

DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据. 这两个都属于R包,其相同点在于都是对count da ...

前面我们在生信技能树系统性介绍了大量RNA-seq相关背景知识,以及表达矩阵分析的一般流程 RNA-seq这十年(3万字长文综述) RNA-seq的counts值,RPM, RPKM, FPKM, T ...

又一次收到一个同样的求助,我不得不写推文来公开介绍这个知识点,希望大家转发给所有的初学者,别再犯糊涂了! 问题描述如下: 曾老师,这是limma包的第42页,我也在附件里面给您发了这个,我想问下,这个 ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

今天我们来学习R语言DESeq2做差异分析,第一次我推送这个差异分析到现在已经过去一年多了,我重新排版,更加了一些感悟,重新推送给大家. 基于高通量测序数据的差异分析,为了矫正测序平台,批次,深度等差 ...

今天我们来学习R语言DESeq2包,原理什么的后不说,在操作过程中点缀一下,等四个差异包推送完成后,咱们在对这四个包做差异分析的原理做一个比较分析: 这个包适用于: 高通量数据分析过程中,基于coun ...

榴莲进口报关所需资料如下: 1.提单.箱单.发票.合同 2.原产地证 3.卫生证(带壳不需要) 4.植检证 5.中文标签榴莲一般贸易进口流程如下: 1.签订进口合同.外商准备相关单据(产地证.植检证 ...

比较不同流程（limma/voom，edgeR，DESeq2 ）差异分析的区别