limma和edgeR对RNA-seq表达矩阵差异分析的区别 / 开普饭

本文为群中小伙伴进行的一次差异分析探索的记录. 前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析 ...

前面我们做了TCGA的差异分析,并且用ggplot2验证了差异分析的准确性,TCGA差异分析及ggplot作图验证,而差异分析后一般会又热图和火山图,热图我们之前也有说过热图系列1,R语言学习系列之& ...

我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述) 给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战,所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期: 箱线图的生物学含义这一讲我们来说一下lim ...

如果我们最后拿到的是蛋白编码基因,当然可以很容易的注释到各种数据库,比如:Gene Ontology terms, KEGG, Reactome, NetPath, PID, INOH and Bio ...

貌代码被折叠了,大家需要阅读原文才能复制粘贴我代码在Rstudio里面直接运行,几分钟就可以学会15个图的制作! basic visualization for expression matrix j ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! SRA->FASTQ->BAM->COUNTS 这几个步骤而已,中间穿插一些质控的手段,每 ...

在第一讲我们详细介绍了GEO数据库的基础知识及规律,也了解了如何利用官方R包GEOquery来探索GEO数据库,当然,我的生信菜鸟团博客里面也从很多其它角度解析过它,欢迎大家自行搜索学习.总得来说,从 ...

发表这个算法的文章是:Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitr ...

最近生信技能树的很多朋友反馈一个GEOquery的bug,而且这个错误对初学者来说,是不可能解决的问题,值得分享一下!(2018-11-27 计) 就是昨天推文末尾的小测试: GEOquery包的ge ...

事情起源于,某个吃了很多汉堡王一起学习的日子,技能树一众学徒一起学习从GEO数据挖掘到limma差异分析等等等. 选的数据集倒是很有.趣.依据原始表达矩阵随便画的热图是这样的

我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述)给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战,所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期: RNA-seq的counts值,RPM, RP ...

limma和edgeR对RNA-seq表达矩阵差异分析的区别