limma/voom，edgeR，DESeq2分析注意事项，差异分析表达矩阵与分组信息 / 开普饭

本文为群中小伙伴进行的一次差异分析探索的记录. 前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析 ...

差异分析包含两类数据:芯片数据+测序数据芯片数据:limma包分析测序数据:edgeR包+DESeq2包分析 edgeR包+DESeq2包分析counts数据 counts为数值型,整数 FPKM ...

今天我们来学习R语言DESeq2包,原理什么的后不说,在操作过程中点缀一下,等四个差异包推送完成后,咱们在对这四个包做差异分析的原理做一个比较分析: 这个包适用于: 高通量数据分析过程中,基于coun ...

前言: 距离第一次听说生信已经十几年了,现在是邋遢大叔重新开始学代码,精力确实已不像从前,各位入坑还是要乘早.后来约莫在5年前,课题组当时有个RNA-Seq数据,lab meeting时听瑞典小哥在汇 ...

前面我们在生信技能树系统性介绍了大量RNA-seq相关背景知识,以及表达矩阵分析的一般流程 RNA-seq这十年(3万字长文综述) RNA-seq的counts值,RPM, RPKM, FPKM, T ...

分析步step1选择温度位移耦合,分析步中稳态时间没有具体意义,瞬态的时间就是分析步作用的时间,此例时间选择2.5s.所以在增量中,如果初始增量也选择2.5s,则一步就可以达到迭代平衡,这不是想要达到 ...

在工作现场接触的问题多了,总想写点什么! 笔者是早年毕业于武汉轻工大学自动化专业,毕业后供职于中建三局从事重工设备制造.在自动化领域摸爬滚打多年,跑过不少项目,迎来送往不少同事或刚毕业的专科技校的学生 ...

上回我们说到,R语言16s进化树的构建,单单一个优秀的进化树对于我们不是做进化的人来讲,还是不够,有些华而不实,但是Y叔这个ggtree功能当然不止如此,Y叔也经常宣称其为真正的'支持图形语法':相比 ...

之前我便说过,16s出图主要是用R,自这两年来Y叔的ggtree出来,好评不断,引用不断攀升这里当然借用Y树的包来做我们的进化树,当然Y叔公众号讲的更加深入和详细,有需要请关注:biobabble ...

2021年北京市西城区中考二模卷阅读理解<一个茶缸>分析人物描写对表达文章中心的作用

分析<故乡>表达方式 <故乡>是鲁迅于1921年创作的一篇短篇小说,小说里多处使用了不同的表达方式,将我隔了二十年再度回到故乡时的所见所闻所感写了出来. 小说一开头就有一处描写 ...

通过前面的讲解,我们顺利的了解了GEO数据库以及如何下载其数据,得到我们想要的表达矩阵,也成功的使用了GSEA这个分析套路. 历史目录: 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一 ...

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