用GenePred注释文件进行数据分析 / 开普饭

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

GFF(gff)全称为:general feature format GTF(gtf)全称为:gene transfer format 前者用来注释基因组,后者用来注释基因. 异同点: GTF文件和G ...

写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码,大量物种的基因组序列被测定和释放.与此同时,对应的基因结构注释信息文件,如GTF或GFF3文件等,也可公开下载. 对于绝 ...

BRCA1基因为例 1 找到BRCA1在gtf文件中的坐标 zcat /mnt/f/kelly/bioTree/server/wesproject/reference/gencode.v25.anno ...

高通量数据下载还能这样操作? 谁能告诉我,这数据测毁了么? 目的: 在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构, ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! 下载原始测序数据: 在GEO数据库搜索GSE87182, 这里没有直接给出ftp地址,需要先从BioProj ...

最近jimmy老师在学徒群了扔了一个数据挖掘文献图表复现任务,作为老师的新晋小透明学徒,希望可以表现一下,在分析数据集GSE62133时,并没有其平台GPL14951相应的注释包,把这个探索过程分享一 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

目前芯片数据的分析流程都可以通过AnnoProbe包简单的完成上游分析,包括表达矩阵获取.分组方案的构建和数据注释,但是也存在一些平台的数据无法被该包直接获取.AnnoProbe获取注释信息的方式是通 ...

写在前面我们在处理GEO芯片数据的时候,经常会碰到芯片的数据的注释文件没有提供基因名,只有基因的序列.替代的解决办法就是对所有的注释数据来进行批量的blast,利用注释文件提供的序列来通过blast ...

现在,很多朋友主要都是在用Power BI Desktop(以下简称PBID,桌面版)做单独的数据分析文件,实际上,PBID所做的模型,是可以作为一个数据分析服务器,为同事提供数据共享和分析服务的,比 ...

用GenePred注释文件进行数据分析