完美 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件

featureCounts我们粉丝都耳熟能详了,我们转录组流程介绍的对比对后的bam文件基于基因注释文件定量的首选软件,用法非常简单,关键是速度飞快,吊打htseq-counts几条街,而用DEXSe ...

前面我们介绍了一系列的LncRNA鉴定相关文献的案例精选: 4个发育时间点的总共12个鸡转录组测序样本的长非编码RNA的鉴定 59匹马的8个组织的长非编码RNA的鉴定 9个组织的37个样本的大豆的长非 ...

咱们<生信技能树>的B站有一个LncRNA数据分析实战视频课程,缺乏配套笔记.年前雇佣了一个实习生系统性跟着我的课程做了一个中国人群的肾癌队列转录组测序数据的LncRNA的组装和鉴定,并且 ...

GFF(gff)全称为:general feature format GTF(gtf)全称为:gene transfer format 前者用来注释基因组,后者用来注释基因. 异同点: GTF文件和G ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

IGV-Gene Structure Annotation Manual Editor,简称IGV-GSAme 写在前面 igv是目前最常用的本地基因组浏览器,与其开发的目标类似,用于整合各种类别的高 ...

写在前面很久很久以前,我就已经写过 GFF3/GTF 注释信息的部分提取功能.每一个GXF文件,往往包含的两万个左右基因(数万个转录本)的外显子,CDS等信息.而我们一般感兴趣的,常常只是其中的一些 ...

有良心的科研,都是应该做出哪怕是一点点的贡献.反感任何人只是鼓励别人发文章灌水. 写在前面半个月前,我推了一个<任何人都能掌握-基因家族分析>的腾讯课程(原本事实是开给课题组).在热身课 ...

写在前面课题组目前做一些基因组相关工作.了解基因组的朋友应该明白,基因结构注释错误几乎遍布所有基因组,包括我们目前看到的大多数即使是发表在顶级期刊的工作.生物是复杂的,而算法是存在局限的.所以人工矫 ...

写在前面这大半个月我都在医院待着,确实无法做太多事情,于是选择看一些文献.选择的是目前开发最完善,且可以说是在IGV-GSAme[之前我改造的IGV版本]出现之前的唯一一款基因结构注释人工矫正软件- ...

2021-01-18 14:02:04 来源: 证券日报网本报记者何文英近日,深耕土壤修复领域多年的永清环保(300187)进一步明确了争当"土壤修复行业领跑者"的战略定位,并 ...

高通量数据下载还能这样操作? 谁能告诉我,这数据测毁了么? 目的: 在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构, ...

============================================ 写在前面:可以参考另外一篇<得到差异基因后怎么做?> ====================== ...

近日,2021年中央部门预算集中向社会公开.100多个中央部门的"账本"贯穿着政府坚持过紧日子.节用为民的重要思路,彰显"党和政府带头过紧日子,目的是为老百姓过好日子&q ...

完美 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3