RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart) / 开普饭

本文为群中小伙伴进行的一次差异分析探索的记录. 前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析 ...

一份高度定制化个性化的富集分析教程,将解决你做富集分析的全部问题. 写在前面上周末两天,加上这几天每天晚上抽出两个小时,我急行军似的开始构建一套转录组分析流程.因为想到转录组已经很多人发教程了,我虽 ...

编译:Nicole,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本文通过RNA-seq和主成分分析(PCA)鉴定内洛尔牛胸最长肌与脂肪酸(FA)谱相关的差异表达基因(DEG).两组各10只动 ...

编译:KT!,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读房颤是一种最常见的心律失常,房颤患者心衰和缺血性中风的风险显著增加.但是目前关于房颤的病理机制,尤其是与长链非编码RNA相关的机制还 ...

本文编译自Nature Communications 美国芝加哥大学遗传医学部和人类遗传学系的Yang I. Li等于2019年3月1日在<Nat Commun>上发表题目<Prio ...

身为一个公众号,如果不更新,那么太对不起关注的朋友们啦.然而,作为一个正经的果农,我确实没太多可以分享的.按照惯例,先宣传一下地球上最好的生物信息理论和技术交流QQ群(bioinformatics*C ...

写在前面大体用了半年(实际上 gap 了五个月),通过实现一系列插件,让所有人都可以在笔记本上完成基本的 RNAseq 数据分析.大体设计到的插件如下: 八步走 SRA 数据查询与整理:SRA XM ...

RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具.RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA ...

科研资源不同,自然选择就不同.没有科研经费的人会比较喜欢纯生信数据挖掘这种模式:有科研经费的人可能更喜欢生信+实验这种模式.之前纯生信数据挖掘的发文思路已经分享了很多,所以这次我们分享一下GEO数据挖 ...

此教程无需R语言 Step 1 确定需要检索的芯片例如 GSE33006 Step 2 利用GEO2R分析差异基因 GEO2R https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ge ...

我们只要将我们的input.txt文件和perl脚本放到同一个文件下,然后双击相应的脚本就可以得到我们的结果文件. 下面我们就将代码放在这里: 筛选上调差异基因的代码: #!/usr/bin/perl ...

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