【直播】我的基因组74：快速给测序reads比对到物种 / 开普饭

写在前面首先说几句话: 本小结代码不需要运行,只是告诉大家数据来源和这份代码的来源: 本小结的软件也不需要安装. 如果没有Ubuntu的随便安装一个就可以16-20都可以运行,例如: 下载一个Qii ...

写在前面写在前面最近分析的物种由于国外品种与国内品种差异还是比较大,虽然大部分文章用的参考基因组都是以国外品种为主,但是由于考虑到目前我这边数据几乎全部都是来源于国内品种,因此在考虑是不是用国内品 ...

写在前面开学两周了,学校也没有什么人,想起来还有一份教程还没有兑现得大家,就将这部分完成,代码 + 数据一起送给大家. 欢迎大家留言打卡学习.最近在学习csvtk工具,十分强大,也是好东西. 早在 ...

简介 https://www.ezbiocloud.net/ 是综合的细菌16S鉴定数据库,所有16S序列经人工校正,几乎全部为完整27F-1492R全长16S序列,而且全面覆盖NCBI.JGI的16 ...

[toc] 写在前面 kraken基于mini数据库.并且这个序列也比较少,所以,很快就能完成继续处理胶水操作:提取序列名称 zcat ./trimmomatic/SUBERR793599_for ...

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的 ...

写在前面基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平.相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略,通过基因组,尤其是比较基因组分析,往往可以给我们带来更多确定性结果,如相比于近源物种A ...

宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程从宿主相关的短读长鸟枪宏基因组测序数据中恢复原核基因组 Recovering prokaryotic genomes from host-associated, s ...

质控之前我们在直播八的时候分析过,公司也给了我质控后的的数据,但是毕竟是别人做的,我们做为一个数据分析师,自己动手来验证一下公司给出的报告也是再好不过的了.大家可以跟着我先将下载数据进行一下质控. 因 ...

上一次直播中,我们对拿到手的测序数据进行了质控,测序数据的质量已经得到了保证.那么接下来就可以把它拿来与参考基因组比对了,这里我们先用参考基因组hg19,大家可以参照[直播]我的基因组(五):测试数据 ...

今天是5月18号,吴一钶"挑战1小时读完一本书"直播复盘日记,现在是23:05,我这边阳光明媚,33度,是曝晒的感觉! -------- 今天的主题:第3场直播复盘 ------- ...

新课来袭 4月29日晚上19:30,张杜老师再次在易基因科技直播间为大家讲解如何利用甲基化测序发表SCI文章,和大家聊聊关于论文发表的那些事儿,并解答大家的种种疑惑,欢迎各位老师和同学前来切磋.交流. ...

直播已经成为当下互联网中备受用户们认可和喜爱的一种资讯接收形式,使用的行业也越来越广泛,电商.教育.医疗.旅游.美食等! 而市面上的直播平台也层出不穷,不同行业适用的平台也大不相同. 市场上的直播平台 ...

推荐:江舜尧编译:Hancactus 编辑:小菌菌近日,同济大学环境科学与工程学院污染控制与资源化研究国家重点实验室李咏梅教授团队在环境科学与生态学顶级期刊Water Research(一区TOP ...

去除宿主徐序列bowtie2 本小节数据已更新:https://github.com/taowenmicro/Megagenome_learing. bowtie2算是目前去除宿主的主流脚本之一了,使 ...

前面我们说到了那些简单的由单个基因决定的性状,这东西不需要预测,其中的生物学机制已经研究的非常透彻,只要拿到你的基因信息,很容易推断你的性状,比如人的乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶等多种乙醇代谢基因,你本身是 ...

最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录,这里先放出直播我的基因组(第一阶段)完整目录.(悄悄告诉你,后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格!)(然后,点击阅读原文也可以拿到可 ...

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