2-跟着science学习宏基因组-去除宿主-评估测序质量是否足够 / 开普饭

粉丝来稿写在前面在几乎所有模式植物转录组测序技术都做烂的今天,始终有一些植物因为种种原因鲜有问津.例如小麦,就像是开在奢侈品商场的黄焖鸡:有钱的人未必瞧得上,没钱的也压根就不会去光顾.不过这么多年 ...

在研究组织或者肠道微生物时,常常需要去除宿主的DNA序列,以防止宿主的序列干扰研究.去宿主序列的主要研究方法是通过将质控后的序列与宿主基因组进行比对,将比对上的序列进行去除.比对软件通常有bowtie ...

Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南 github链接:harvardinformatics/ATAC-seq 参考文献:ATAC-seq: A Method ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

写在前面开学两周了,学校也没有什么人,想起来还有一份教程还没有兑现得大家,就将这部分完成,代码 + 数据一起送给大家. 欢迎大家留言打卡学习.最近在学习csvtk工具,十分强大,也是好东西. 早在 ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

全部样本全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...

[toc] 写在前面从宏基因组中提取核糖体DNA序列,进行扩增子分析.扩增子数据的分析我们已经熟悉的非常熟悉了,只是从宏基因组中得到,这个过程不够熟悉.其次你以为直接提取出来的序列,直接上vseea ...

全部样本组装:核糖体基因识别:序列回帖:单个样本组装:核糖体基因识别:序列回帖: 合并全部样本将全部样本的前端和后端分别合并,未匹配的也合并.这里我们可以注意到明没有添加序列标签,因为做组装也不需要 ...

[toc] 写在前面 kraken基于mini数据库.并且这个序列也比较少,所以,很快就能完成继续处理胶水操作:提取序列名称 zcat ./trimmomatic/SUBERR793599_for ...

写在前面: 跟着science学习宏基因组终于迎来了第一批的结果,今天的MEGAN是一个比较好的注释流程,一体化注释数据库社区版本可以做很多数据库注释.基于这套流程,我们做了数据清洗,值得注意的是这套 ...

写在前面宏基因组相信会有很多人都会对他产生兴趣,但是却不像扩增子那样每个人都可以在自己的电脑上运行宏基因组数据.我们这份教程大部分都可以在帮你基本上运行了,只是有的数据库实在是太大了.例如:nr,所 ...

[toc] 写在前面这部分主要用于注释功能,使用的还是之前分组装的结果(spades) ,其实之前已经对这个组装序列进行过多次物种和功能注释,例如megan一站式注释物种和功能.kraken注释物种 ...

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