12-跟着science学习宏基因组uproc注释 / 开普饭

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读环境样品中的微生物物种种类多,培养难度大,而且很多是功能未知的微生物,因此与一般的动植物组学相比,微生物组学研究难度 ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

写在前面开学两周了,学校也没有什么人,想起来还有一份教程还没有兑现得大家,就将这部分完成,代码 + 数据一起送给大家. 欢迎大家留言打卡学习.最近在学习csvtk工具,十分强大,也是好东西. 早在 ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

全部样本全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...

[toc] 写在前面 kraken基于mini数据库.并且这个序列也比较少,所以,很快就能完成继续处理胶水操作:提取序列名称 zcat ./trimmomatic/SUBERR793599_for ...

写在前面: 跟着science学习宏基因组终于迎来了第一批的结果,今天的MEGAN是一个比较好的注释流程,一体化注释数据库社区版本可以做很多数据库注释.基于这套流程,我们做了数据清洗,值得注意的是这套 ...

[toc] 写在前面从宏基因组中提取核糖体DNA序列,进行扩增子分析.扩增子数据的分析我们已经熟悉的非常熟悉了,只是从宏基因组中得到,这个过程不够熟悉.其次你以为直接提取出来的序列,直接上vseea ...

全部样本组装:核糖体基因识别:序列回帖:单个样本组装:核糖体基因识别:序列回帖: 合并全部样本将全部样本的前端和后端分别合并,未匹配的也合并.这里我们可以注意到明没有添加序列标签,因为做组装也不需要 ...

写在前面宏基因组相信会有很多人都会对他产生兴趣,但是却不像扩增子那样每个人都可以在自己的电脑上运行宏基因组数据.我们这份教程大部分都可以在帮你基本上运行了,只是有的数据库实在是太大了.例如:nr,所 ...

去除宿主徐序列bowtie2 本小节数据已更新:https://github.com/taowenmicro/Megagenome_learing. bowtie2算是目前去除宿主的主流脚本之一了,使 ...

12-跟着science学习宏基因组uproc注释