跟着science学习宏基因组-专辑简介 / 开普饭

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的 ...

宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程从宿主相关的短读长鸟枪宏基因组测序数据中恢复原核基因组 Recovering prokaryotic genomes from host-associated, s ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读宏转录组宏转录组测序是对某一特定时期.特定环境样品中的全部微生物的RNA进行高通量测序,直接获得该环境中所有微生物 ...

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读所谓宏基因组学 (或元基因组学, metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象 ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

全部样本全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...

[toc] 写在前面从宏基因组中提取核糖体DNA序列,进行扩增子分析.扩增子数据的分析我们已经熟悉的非常熟悉了,只是从宏基因组中得到,这个过程不够熟悉.其次你以为直接提取出来的序列,直接上vseea ...

全部样本组装:核糖体基因识别:序列回帖:单个样本组装:核糖体基因识别:序列回帖: 合并全部样本将全部样本的前端和后端分别合并,未匹配的也合并.这里我们可以注意到明没有添加序列标签,因为做组装也不需要 ...

[toc] 写在前面 kraken基于mini数据库.并且这个序列也比较少,所以,很快就能完成继续处理胶水操作:提取序列名称 zcat ./trimmomatic/SUBERR793599_for ...

写在前面: 跟着science学习宏基因组终于迎来了第一批的结果,今天的MEGAN是一个比较好的注释流程,一体化注释数据库社区版本可以做很多数据库注释.基于这套流程,我们做了数据清洗,值得注意的是这套 ...

写在前面宏基因组相信会有很多人都会对他产生兴趣,但是却不像扩增子那样每个人都可以在自己的电脑上运行宏基因组数据.我们这份教程大部分都可以在帮你基本上运行了,只是有的数据库实在是太大了.例如:nr,所 ...

去除宿主徐序列bowtie2 本小节数据已更新:https://github.com/taowenmicro/Megagenome_learing. bowtie2算是目前去除宿主的主流脚本之一了,使 ...

[toc] 写在前面这部分主要用于注释功能,使用的还是之前分组装的结果(spades) ,其实之前已经对这个组装序列进行过多次物种和功能注释,例如megan一站式注释物种和功能.kraken注释物种 ...

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