生物信息
相关推荐
-
更新 | 如何对物种进行 Mapman 基因功能注释?
写在前面 Mapman 是一款为植物通路分析专门设计的界面化软件,发表于2004年,其后不断更新,直到今日.我们也常常能在近期发表的一些文章中看到 Mapman 输出图稿的身影.在几年前,我写了系列 ...
-
科研 | PNAS:鳄梨基因组和转录组揭示了被子植物的系统发育,突出了渐渗杂交,并揭示了受病原体影响的基因空间适应
编译:卡德加,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 鳄梨(牛油果)(Persea americana)作为一种在全球范围需求量越来越大的水果,给墨西哥农业带来了巨大的经济价值.鳄梨属 ...
-
高效获取基因的代表性转录本
写在前面 高通量测序已然成为qPCR一样普及到几乎每一个实验室.大量的物种被测序,对这些物种的序列信息进行分析,有助于我们更多地认识生物演化,预测更甚至了解基因的功能. 基于我个人的说法, 基因只是一 ...
-
一作解读|ph1基因诱导染色体重组特征解析
近日,四川农业大学小麦研究所刘登才教授团队与美国加州大学河滨分校(UCR) Adam J Lukaszewski教授团队在the plantjournal 在线发表了题为"Some char ...
-
插件 | 超快!全基因组共线性分析
写在前面 伴随着越来越多的全基因组序列公布,比较基因组分析已然常规生信数据分析技能.MCScan 是最为常用的软件之一.久前,TBtools 已经将该软件打包,同时开放了一键化流程.用户只需要输入四个 ...
-
任何人!一键完成物种间的共线性分析与可视化
写在前面 类似的主题,我们已经推出了一篇主题为<一键完成共线性(MCScanX)分析>的文章.推出之后一部分人用着挺好.也有相当部分朋友却不知为何遇到各种各样的问题.这些问题,源于输入文件 ...
-
改造-基因组浏览器-IGV(九)- 快速[t]BlastN结果
写在前面 高通量测序技术普及,大量物种基因组被测序.组装质量逐步提高,但基因结构注释的质量则一如既往的让人担心.错误的基因结构注释,可能会使得你得到错误的结果.比如: 不准确的基因结构注释,使得编码蛋 ...
-
一键完成比较基因组中的基因共线性分析
写在前面 近年来,高通量测序费用持续走低.大多数课题组完全有经费可以支撑起自己所研究材料的基因组测序更或者可以非常容易地从网络上获取基因组序列与基因结构注释信息.于是会开始存在这样那样的,关于比较基因 ...
-
如何高效而且优雅地比较多物种的不同基因组区域?
写在前面 高通量测序技术的普及,带来的是遍地的基因组.昨日,OneKP项目又发了一个Paper[因为很久以前他们就发过,数据也早就可以获取].他们再发多少paper,事实上,我并没有太多感触,因为On ...
-
IGV基因组注释文件说明
IGV基因组注释文件说明
-
项目文章 | 我国特有杜鹃种-灵宝杜鹃的高质量参考基因组为其进化适应性研究提供了新见解
灵宝杜鹃(Rhododendron henanense subsp. lingbaoense)是我国特有的名贵杜鹃种,不同于平常所见的灌木杜鹃,灵宝杜鹃为高大挺拔的乔木,其花型娇艳.硕大,隶属我国十大 ...
-
经验 | 记录 NCBI 下载基因组的大坑
写在前面 写在前面 最近分析的物种由于国外品种与国内品种差异还是比较大,虽然大部分文章用的参考基因组都是以国外品种为主,但是由于考虑到目前我这边数据几乎全部都是来源于国内品种,因此在考虑是不是用国内品 ...