插件 | 超快！全基因组共线性分析 / 开普饭

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的 ...

编译:卡德加,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读鳄梨(牛油果)(Persea americana)作为一种在全球范围需求量越来越大的水果,给墨西哥农业带来了巨大的经济价值.鳄梨属 ...

先说下结论吧,建议按无参转录组去做,因为50%的回比率实在是太低了,一般来说起码也得达到60%-65%.按有参去做会浪费很多的数据,而且会有很多基因不会被检测到.下面是我们之前写的一个关于转录组分析模 ...

写在前面比较基因组分析中,常常会使用基因点阵图来查看大体的基因组共线性情况.基于我个人的认知,点阵图可能有几个用处: 确定共线性区块有无和情况观测WGD,Segmental Duplication ...

肠道微生物菌群是贯穿人类整个生命周期中最丰富的微生物组成部分.近年来的许多研究发现,肠道微生物与人体许多功能的正常运转密切相关,不仅可以帮助我们消化食物,训练免疫系统,还能通过脑肠轴影响大脑情绪.通常 ...

生物空间站 17篇原创内容公众号名词解释和基本问题:关联分析:就是AS的中文,全称是GWAS.应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态:SNP为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过 ...

普通小麦是一个由三个密切相关的亚基因(AABBDD)组成的异源六倍体.它被认为起源于两次多倍化事件:第一次是野生四倍体小麦(AA)与未发现的节节麦谱系(BB)杂交形成的四倍体,距今约50万年;第二次是 ...

DNA甲基化是一种非常基础且重要的表观修饰,在调控基因表达.转录因子结合和抑制转座子元件中起到关键的作用. 目前,DNA甲基化检测的技术已经比较成熟,例如高通量的WGBS.RRBS.MeDIP-seq ...

转自博客园前段时间有位小可爱问我,为什么她的QQ图特别飘,如果你不理解怎样算飘,请看下图: 理想的QQ图应该是这样的: 我当时的第一反应是:1)群体分层造成的:2)表型分布有问题.因此让她检查一下 ...

编译:伊一,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本研究通过分析相关代谢产物.小RNA(sRNAs).降解物和共表达网络,研究了九种不同茶树组织中重要风味物质与小RNA(miRNA)的 ...

编译:寒江雪,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读谷氧还蛋白(GRX)是广泛存在的氧化还原酶,参与多种细胞过程,在氧化应激反应机制中起关键作用.本研究旨在探讨GRX的结构-功能关系, ...

推荐:江舜尧编译:短短编辑:马莉 Derek Klarin等研究人员于2019年7月8日在国际顶级期刊<Nature medicine>发表题目为<Genome-wide ass ...

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