9-跟着science学习宏基因组-三种组装方法混样组装（megahit/spades/idba） / 开普饭

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助.原创微文,欢迎转发转载.导读宏基因组组装工具非常多.如何从众多组装工具中选择适合分析自己的宏基因组测序数据的工具呢?为了解决这个问题,我搜集了宏基因组 ...

写在前面开学两周了,学校也没有什么人,想起来还有一份教程还没有兑现得大家,就将这部分完成,代码 + 数据一起送给大家. 欢迎大家留言打卡学习.最近在学习csvtk工具,十分强大,也是好东西. 早在 ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

全部样本全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...

[toc] 写在前面从宏基因组中提取核糖体DNA序列,进行扩增子分析.扩增子数据的分析我们已经熟悉的非常熟悉了,只是从宏基因组中得到,这个过程不够熟悉.其次你以为直接提取出来的序列,直接上vseea ...

[toc] 写在前面 kraken基于mini数据库.并且这个序列也比较少,所以,很快就能完成继续处理胶水操作:提取序列名称 zcat ./trimmomatic/SUBERR793599_for ...

写在前面: 跟着science学习宏基因组终于迎来了第一批的结果,今天的MEGAN是一个比较好的注释流程,一体化注释数据库社区版本可以做很多数据库注释.基于这套流程,我们做了数据清洗,值得注意的是这套 ...

写在前面宏基因组相信会有很多人都会对他产生兴趣,但是却不像扩增子那样每个人都可以在自己的电脑上运行宏基因组数据.我们这份教程大部分都可以在帮你基本上运行了,只是有的数据库实在是太大了.例如:nr,所 ...

去除宿主徐序列bowtie2 本小节数据已更新:https://github.com/taowenmicro/Megagenome_learing. bowtie2算是目前去除宿主的主流脚本之一了,使 ...

[toc] 写在前面这部分主要用于注释功能,使用的还是之前分组装的结果(spades) ,其实之前已经对这个组装序列进行过多次物种和功能注释,例如megan一站式注释物种和功能.kraken注释物种 ...

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