技术贴 | 宏基因组专题 | 组装工具盘点和比较 / 开普饭

全部样本全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...

全部样本组装:核糖体基因识别:序列回帖:单个样本组装:核糖体基因识别:序列回帖: 合并全部样本将全部样本的前端和后端分别合并,未匹配的也合并.这里我们可以注意到明没有添加序列标签,因为做组装也不需要 ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

上一期给大家介绍了宏病毒组的一般分析思路,这期一起来考察一下分析流程中重要的"组装"环节常用的众多软件. 通过我们这段时间来的宏病毒专题介绍,想必大家也都发现了,自然界微生物群落中 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读宏基因组分箱(Binning)是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种分开归类 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 Metabat是近几年所有分箱工具中最受欢迎的工具(引用达460+).2019年发表在PeerJ上的新版Metaba ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读宏转录组宏转录组测序是对某一特定时期.特定环境样品中的全部微生物的RNA进行高通量测序,直接获得该环境中所有微生物 ...

本文由微科盟技术根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 微科盟原创微文,欢迎转发转载. 宏基因组功能分析选择基于reads分析还是基于组装分析?一直以来都是大家争论的问题.鱼与熊掌是否能兼得呢?微科盟 ...

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读所谓宏基因组学 (或元基因组学, metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象 ...

链读测序(Linked-read sequencing)通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起,能够消除其中的一些错读,从而改进宏基因组组装.但目前还不清楚在使用 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,"宏基因组"+"Binn ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,"宏基因组"+"Binn ...

编译:Mushroom,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读瘤胃是牛的主要消化器官,可以将植物性饲料分解成能量和营养物质,这是通过瘤胃微生物系统所编码的酶实现的.研究人员以43头苏 ...

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