使用bowtie2去除宿主序列 / 开普饭

去除宿主徐序列bowtie2 本小节数据已更新:https://github.com/taowenmicro/Megagenome_learing. bowtie2算是目前去除宿主的主流脚本之一了,使 ...

引子目前NCBI上的数据已经超过的14个P,公开的测序数据也已近到达5个P,而且目前随着二代测序成本的继续下降,测序数据将在很长一段时间内持续井喷.面对如此大量的数据包含大量的与作物相关土壤相关的数 ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南 github链接:harvardinformatics/ATAC-seq 参考文献:ATAC-seq: A Method ...

我都忘记了自己的NGS流程系列增加了一个miRNA测序数据分析: 免费视频课程<RNA-seq数据分析> 免费视频课程<WES数据分析> 免费视频课程<ChIP-seq数 ...

一日一条命令-kneaddata 写在前面 kneaddata是一分结合质控和去除宿主的过程,集合了两个软件Trimmomatic和 Bowtie2,Trimmomatic作为质控软件应用的非常多,但 ...

NGS数据分析实践:06. 数据预处理 - 序列比对+PCR重复标记+Indel区域重比对+碱基质量重校正目录 1. 序列比对 1.1 参考基因组建索引 1.2 序列比对 2. 排序 3. PCR重 ...

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整理:谢鹏昊修改:文涛序列拼接一.QIIME 二. Vsearch 三. Usearch 序列拼接拿到扩增子测序结果之后的第一件事就是序列拼接(默认公司发放的数据都是没有问题的,所以不进行质量 ...

前些天我在生信技能树提出来了一个转录组数据分析的疑难杂症:RNA-seq的fastq文件里面为什么有gc含量的双峰,就是fastq测序数据质量控制的时候发现了GC含量的双峰,然后我简单分析了那些高重复 ...

使用bowtie2去除宿主序列