宏基因组:一日一工具之-kneaddata -完成质控加去宿主
相关推荐
-
使用bowtie2去除宿主序列
在研究组织或者肠道微生物时,常常需要去除宿主的DNA序列,以防止宿主的序列干扰研究.去宿主序列的主要研究方法是通过将质控后的序列与宿主基因组进行比对,将比对上的序列进行去除.比对软件通常有bowtie ...
-
Bowtie和Bowtie2的区别
Bowtie官方介绍: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml Bowtie是一种超快速,高效存储的短reads比对工具.它以每小时超过2500万个 ...
-
技术贴 | 宏基因组专题 | 组装工具盘点和比较
本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助.原创微文,欢迎转发转载.导读宏基因组组装工具非常多.如何从众多组装工具中选择适合分析自己的宏基因组测序数据的工具呢?为了解决这个问题,我搜集了宏基因组 ...
-
科研 | Environmental microbiology:细胞宏基因组揭示了深淡水湖中潜在的关键病毒-宿主相互作用
编译:Jione.song,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 自从发现大量病毒存在于水生系统以来,人们对病毒生态学的理解得到了迅猛的增长.病毒感染细菌和古细菌的过程已经被广泛研究 ...
-
宏基因组专题 | 宏基因组最佳分箱工具Metabat2
本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 Metabat是近几年所有分箱工具中最受欢迎的工具(引用达460+).2019年发表在PeerJ上的新版Metaba ...
-
宏基因组分析专题(4):宏基因组拼接的高效工具:megahit的安装和使用
本文由微科盟phage根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 微科盟原创微文,欢迎转发转载,转载须注明来源<微生态>公众号. 在上一节"宏基因组分析专题(3):宏基因组数据的质控 ...
-
Nature Methods:宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2
宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2 MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling Nature Methods [IF ...
-
7-跟着science学习宏基因组-从宏基因组中提取16S/18S序列分析2-组装注释
[TOC] 写在前面 这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...
-
[首藏作品](6492)宏基因组测序技术:用对才能用好
快速确认新冠病毒 实现精准治疗宏基因组测序技术:用对才能用好◎本报记者 张佳星"回想2003年没有mNGS技术的时候,我们认识SARS冠状病毒需要5-6个月,而现在认知新冠病毒,国内科学家只 ...
-
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.5)
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强宏基因组学技术和成果交流传播,推动全球华人微生物组领域发展,中科院青年科研人员创立"宏基因组"公众号,联合海内外同行共同 ...
-
8-跟着science学习宏基因组-从宏基因组中提取16S序列分析3-barrnap提取核酸序列-组装注释
全部样本 全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...