宏基因组分析专题（4）：宏基因组拼接的高效工具：megahit的安装和使用 / 开普饭

写在前面首先说几句话: 本小结代码不需要运行,只是告诉大家数据来源和这份代码的来源: 本小结的软件也不需要安装. 如果没有Ubuntu的随便安装一个就可以16-20都可以运行,例如: 下载一个Qii ...

前面我们发布了明码标价之普通转录组上游分析,终于开始接单了,第一个项目介绍98个转录组测序数据的表达量获取,超级简单,就是耗费计算资源,500G的fastq数据文件,中间步骤加起来,起码耗费2个T的 ...

但很多粉丝留言表示这些英文教程看不懂,数据也很分散,没有中文解说实在是很难跟下来,希望我们出一个手把手系列教程. 这个全套 MeRIP-seq 图表复现代码在GitHub:https://github ...

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

导言前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! 下载原始测序数据: 在GEO数据库搜索GSE87182, 这里没有直接给出ftp地址,需要先从BioProj ...

希望所有学员都可以站在生信技能树的舞台上发光发热! 下面是粉丝随机投稿追随生信技能树的脚步,学习生信已经有半年多了.看了哔哩哔哩上的视频,也跑了健明老师的代码.以为自己起码入门了,但是真正分析感兴趣 ...

不知不觉cellranger已经更新到6.0了.前面已经介绍了4.5,今天介绍下6.0 cellranger更新到4啦(全新使用教程) cellranger更新到5啦(全新使用教程) CellRang ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

距离公布要带500个优秀本科生入门生物信息学的活动不到一个月,虽然真正入选不到一百,但是培养成绩喜人,出勤率接近百分之百,大部分人在短短两个星期就完成了R基础知识学习,Linux认知,甚至看完了转录组 ...

全部样本全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...

是时候把生信技能树的舞台交给后辈! 粉丝来稿作者:黑川五郎写在前面单细胞转录组以10X公司为主流,单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一 ...

写在前面宏基因组相信会有很多人都会对他产生兴趣,但是却不像扩增子那样每个人都可以在自己的电脑上运行宏基因组数据.我们这份教程大部分都可以在帮你基本上运行了,只是有的数据库实在是太大了.例如:nr,所 ...

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