去rRNA可以解决GC含量双峰的右峰 / 开普饭

关键词:零基础:叶绿体基因组:神器:国人佳作:一键成环. 软件官网:https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle GetOrganelle 这款软件是建军和郁文彬老 ...

在研究组织或者肠道微生物时,常常需要去除宿主的DNA序列,以防止宿主的序列干扰研究.去宿主序列的主要研究方法是通过将质控后的序列与宿主基因组进行比对,将比对上的序列进行去除.比对软件通常有bowtie ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

bowtie2 语法很重要!!!! Usage: bowtie2 [options]* -x <index> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r ...

去除宿主徐序列bowtie2 本小节数据已更新:https://github.com/taowenmicro/Megagenome_learing. bowtie2算是目前去除宿主的主流脚本之一了,使 ...

今天是生信星球陪你的第529天大神一句话,菜鸟跑半年.我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程,从新手 ...

写在前面通过我几天的学习,我发现,seqkit十分好用,将序列的各种操作都囊括进去,加入多线程,我个人认为这将是非常好的胶水,在处理无论是基因组还是其他组学.定是一个必学神器.注意一下教程在0.15 ...

一日一条命令-kneaddata 写在前面 kneaddata是一分结合质控和去除宿主的过程,集合了两个软件Trimmomatic和 Bowtie2,Trimmomatic作为质控软件应用的非常多,但 ...

Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南 github链接:harvardinformatics/ATAC-seq 参考文献:ATAC-seq: A Method ...

最近接到一个粉丝求助,说自己课题组两年前在某公司测的转录组数据,跟着我们的课程学习完了转录组数据分析流程后,终于可以开干了,一条龙流程走完就傻眼了,我们课程授课涉及到的数据集基本上是完美结果,但他们两 ...

最近遇到一个问题,这算是比较常见的故障了,那就是电脑开机一直转圈圈,等了好久也不能进入Win10系统的桌面中,可能大家遇到这个问题会直接重装系统来解决,但是重装系统很麻烦,不妨可以尝试一个方法,有70 ...

刚果金加丹加矿业(Katanga Mining)及其子公司卡莫托铜矿(Kamoto Copper Company, KCC)的董事会已批准建设一座离子交换工厂,并计划在2020年启用该工厂. 2019 ...

「服务处理信息和知识的知识工作者,看世界的另一个角度」转给你的小伙伴们,也熏陶他们一下吧! 你第一次参加某类项目,负责其中的一小块,做完了后就写了个人总结.总结出经验教训各3条,上传到项目团队平台的 ...

在前面我们用 ChIP-seq 的分析方法可视化了一下我的 WGS数据,结果我们的测序深度分布居然是跟基因组的genomic feature相关. 比如在TSS附近,就很明显看到了一个测序深度峰值(具 ...

对NGS测序得到的成千上万条reads的GC含量进行统计,并且与正态分布形式对比已经是常规操作了,一般用fastqc软件即可分析,如下: 但现实情况往往不是这样. 不同NGS组学数据表现不一样起初f ...

以前是自己写脚本: [直播]我的基因组47:测序深度和GC含量的关系可能是太复杂,大多数读者表示看不懂,所以我重新使用已有的轮子来做这件事. 下载hg38参考基因组直接谷歌搜索即可: 拿到下载链接 ...

如果你想抱怨,生活中一切都会成为你抱怨的对象:如果你不抱怨,生活中的一切都不会让你抱怨. 我在家里是特别能干的,家里的姐妹四个,我是最能干的.父母说啥都会听,很顺从.也许从那时候开始我就开始自卑自尊心 ...

一.酒店无故辞退员工去劳动局怎么解决? 可以申请劳动仲裁,并要求支付经济补偿金,<违反和解除劳动合同的经济补偿办法>对不同的补偿标准进行了更为明确的规定,它对用人单位向劳动者支付经济补偿金 ...

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