用了这么久的bowtie2，却不知道它的结果含义？ / 开普饭

前些天我在生信技能树提出来了一个转录组数据分析的疑难杂症:RNA-seq的fastq文件里面为什么有gc含量的双峰,就是fastq测序数据质量控制的时候发现了GC含量的双峰,然后我简单分析了那些高重复 ...

前面我们说到过可以用软件或者自己写脚本从已经比对到参考基因组的sam/bam格式文件提取出原始的测序fastq文件. 但是我在IGV里面检查bam文件的时候发现了一些难以理解的现象,所以趁这个机会把它 ...

写在前面 Kallisto 是一款 "Alignmnet-Free" 的转录组表达量估计的工具.其提出了一种 "pseudoalignment " 的概念,实则 ...

很抱歉这么久都没有推直播给大家了!每到年终的这个时候,小编真的是忙的找不到北大/(ㄒoㄒ)/~~.这一周的直播应该会每天一更啦,希望大家可以跟着一起学习,不要脱粉哦~~ 另外还要谢谢大家在生信菜鸟团困 ...

粉丝来稿写在前面在几乎所有模式植物转录组测序技术都做烂的今天,始终有一些植物因为种种原因鲜有问津.例如小麦,就像是开在奢侈品商场的黄焖鸡:有钱的人未必瞧得上,没钱的也压根就不会去光顾.不过这么多年 ...

NGS数据分析实践:06. 数据预处理 - 序列比对+PCR重复标记+Indel区域重比对+碱基质量重校正目录 1. 序列比对 1.1 参考基因组建索引 1.2 序列比对 2. 排序 3. PCR重 ...

目前主流的ngs科研服务,包括WES和RNA-seq价格都是透明的,反正建库四五百块钱,测序都是60元一个G左右,也就是说10G数据量的wes也就是一千块钱,同理RNA-seq也是如此,而且有趣的是标 ...

我的全基因组数据还没拿到,而且还会推迟,简单说(tu)明(cao)一下原因(还好当初为了避免广告嫌疑一直没说是哪个公司负责测序,反正用的是illumina的hiseqX10这个测序啦,所以可以尽情的吐 ...

公司给了raw data, clean data,还有alignment的bam文件.在这之前我的博客提到,虽然公司给了比对好的bam文件,但我还是想要自己再比对一下,这就需要把fastq文件上传到服 ...

前面我们扯到bam文件的各种操作,vcf文件的各种操作,基础知识不牢固的同学可能已经云里雾里了.这次我们来讲一个简单的.就是拿到了fastq的测序数据,如何把全基因组分析给跑一遍.(不谈细节!) 首先 ...

Jimmy博客里面有详细讲读原文查解去除PCR duplication的reads的原理和方法,还比较了samtools和picard这两个软件的区别,请点击阅看(仔细探究samtools的rmdup ...

bwa使用Burrows–Wheeler Transform (BWT)算法,利用backward搜索,针对不同reads长度,有三种算法「BWA-backtrack」, 「BWA-SW」和「B ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

用了这么久的bowtie2，却不知道它的结果含义？