【直播】我的基因组（十三）:了解sam格式比对结果 / 开普饭

写在前面 Kallisto 是一款 "Alignmnet-Free" 的转录组表达量估计的工具.其提出了一种 "pseudoalignment " 的概念,实则 ...

GATK教程我以前写过(GATK使用注意事项:http://www.bio-info-trainee.com/838.html) 这个步骤分成2个小步骤: 首先用RealignerTargetCrea ...

我们在之前说到过bam文件还有55G大小,这样的文件,在很多时候都不方便查看和转移.而有些时候,我们只需要我们的测序数据在全基因组的测序深度这一个值,并不需要具体某条reads的碱基序列,碱基质量值. ...

前面我们说到了那些简单的由单个基因决定的性状,这东西不需要预测,其中的生物学机制已经研究的非常透彻,只要拿到你的基因信息,很容易推断你的性状,比如人的乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶等多种乙醇代谢基因,你本身是 ...

最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录,这里先放出直播我的基因组(第一阶段)完整目录.(悄悄告诉你,后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格!)(然后,点击阅读原文也可以拿到可 ...

今日上午9时湖北省第十三届人民代表大会第五次会议开幕省长王晓东向大会作政府工作报告 2020年是湖北历史上极不平凡.极不容易.极其难忘的一年挑战前所未有,斗争艰苦卓绝,成效好于预期 2021年 ...

当疫情停课的时候,线上教育就显现出了它的优势,毕竟它打破了时间和空间的距离,还可以更好地学习,所以教育直播APP开发显得尤为重要. 这时会有人问了,家校通等APP也可以进行网络直播来创办补习班,而且不 ...

声明以下为个人意见,仅做参考,具体治疗谨遵医嘱! 乳腺癌作为女性常见肿瘤,目前临床上有多重治疗方式,包括手术.化疗.放疗.内分泌治疗.靶向治疗.免疫治疗:治疗药物种类繁多.今天找药宝典就系统性的讲解 ...

根据前面的讲解我们也对NGS数据分析基本的数据格式和数据流有了一个基本的理解了,不管是fasta.fastq.sam.bam.vcf.gtf 以及 biom 等格式都是具有相对标准的数据组织形式的,含 ...

在此之前,我不止一次强调过QC的重要性,对全基因组测序等以找variation为主的分析流程来说,不仅仅是对测序数据的QC,还有比对之后的sam/bam文件也需要QC,最后找出的variation文件 ...

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